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对于染料体系，ONIOM缺力场参数可以完全基于hessian拟合吗

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wal

发布时间: 2025-5-15 11:34

正文摘要:

本帖最后由 wal 于 2025-5-15 11:38 编辑如题。想带着BODIPY，Rhodamine等染料跑ONIOM，搞下来总是缺一堆参数，此时小分子完全使用sobtop基于hessian拟合的参数合适吗？还是说尽量先用amber、GAFF里带的。不是 ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-5-17 22:26:33

wal 发表于 2025-5-17 13:09
好的，谢谢老师。再问一下，如果这个键本身可旋转(没有Improper torsion项)，只拟合极小点处的行为是不是 ...

1 当前拟合还可以，拟合谐振势也就只能如此了

2 没试过，不知道

3 你没给参数，应该就是都当成0了，随便旋转，和实际也不符，可能会严重变形

4 可以

sobereva 发表于 Post on 2025-5-17 05:43:20

wal 发表于 2025-5-16 21:43
老师我还有一个问题。谐振拟合的二面角参数，没有相位，也没有NPaths；而Gaussian二面角参数输入的时候似 ...

sobtop基于Hessian得到的谐振势是直接算出来的，不是拟合出来的
没有谐振的二面角形式就只能通过拟合，让周期性扭转势在极小点处的二阶导数和谐振势的尽量一致

sobereva 发表于 Post on 2025-5-17 05:37:26

wal 发表于 2025-5-16 09:41
好的，了解啦～谢谢老师
还有个问题想问下，sobtop指认的原子类型好像与gaussview辨认的不完全一致，这 ...

如果你是指gview指认的AMBER原子类型，sobtop指认的大概率更合理。可以照着原子类型的定义逐一检查

wal 发表于 Post on 2025-5-16 21:43:17

sobereva 发表于 2025-5-16 06:47
sobtop基于Hessian产生的是谐振势力常数，对刚性的项可以这么获得参数。但如果是可旋转二面角，并且计算过 ...

老师我还有一个问题。谐振拟合的二面角参数，没有相位，也没有NPaths；而Gaussian二面角参数输入的时候似乎只有傅里叶形式的，在手册上没找到谐振形式的二面角参数输入方式。这样的话我使用AmbTrs输入二面角参数的时候，相位与NPaths如何确定呢？

wal 发表于 Post on 2025-5-16 09:41:14

sobereva 发表于 2025-5-16 06:47
sobtop基于Hessian产生的是谐振势力常数，对刚性的项可以这么获得参数。但如果是可旋转二面角，并且计算过 ...

好的，了解啦～谢谢老师
还有个问题想问下，sobtop指认的原子类型好像与gaussview辨认的不完全一致，这样我转录的时候是需要遵循sobtop指认的，还是gaussview指认的，还是可以自定义，只要原子类型与读取的参数项保持一致就行？
也即：指认的原子类型除了用于匹配lj势参数、力常数以外，还有别的含义吗？程序会不会对一些特殊组合做特别处理？

sobereva 发表于 Post on 2025-5-16 06:47:49

sobtop基于Hessian产生的是谐振势力常数，对刚性的项可以这么获得参数。但如果是可旋转二面角，并且计算过程还需要描述可旋转性，那需要自己找参数或者自己拟合

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