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gromacs生成蛋白质拓扑时氢原子异常的问题

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发布时间: 2025-5-15 19:15

正文摘要:

vina对接,得到蛋白质配体复合物之后,把蛋白质和配体抠出来分别制作拓扑文件,但是制作蛋白质的拓扑文件时会发生以下报错:Fatal error: Atom HN3 in residue ASN 2 was not found in rtp entry ASN with 16 atoms ...

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13277552957 发表于 Post on 2025-5-15 21:34:22
命令加上-ignh,或者用pymol去掉所有氢
sobereva 发表于 Post on 2025-5-15 20:58:10
pdb2gmx带上-ignh

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