好的,感谢各位大佬,我使用二面角扫描解决问题了 |
sobereva 发表于 2025-5-16 06:35 不用了,我找到http://sobereva.com/159了,谢谢! |
Piggy2907 发表于 2025-5-17 10:14 通过轨道权重福井函数和轨道权重双描述符预测亲核和亲电反应位点 http://sobereva.com/533 |
sobereva 发表于 2025-5-16 06:35 好的,感谢! 我还想请问一下如何用量化计算说明苯胺,苯酚等分子上上羟基、氨基的邻对位定位效应? 我尝试从原子电荷和电子密度的角度理解了,但是还是没有想明白 |
北大-陶豫 发表于 2025-5-16 18:01 没有的,我在计算之前降低了对称性的 |
可能是因为你初始结构就有 Cs 对称性(苯环为镜面),导致优化过程中这种对称性一直没法被破坏。 |
优化之前要把NH2转成接近和苯环平行的结构。把初始结构摆得尽可能符合常识 |
你这个包有问题的,而且我怀疑应该是B3LYP泛函的问题,要么就是你的计算有问题,你最好把输入和输出文件都贴出来,参考我用ORCA在wB97X-D4/def2-TZVP级别下计算的结果,可以看到按照你那个结构来是有一个虚频的,这个虚频刚好还对应氨基的转动,因此你那个结构必然不可能是全局极小值点:
![]() 我试了一下用manual displacement处理了一下氨基的角度,然后重新在同一个级别下做了优化,得到这样的结构,没有虚频: ![]() |
这种刚性小分子还不至于刚性搜索。把C-N键中心的二面角调一下重新优化,比较一下能量就行了。 |
Piggy2907 发表于 2025-5-15 22:25 构象搜索 |
Piggy2907 发表于 2025-5-15 22:25 构象搜索或者跑分子动力学 |
wal 发表于 2025-5-15 22:14 如何得到全局极小点呢? |
看看有虚频没有 如果没虚频,那就是个局域极小点,并非全局极小点 |
提高计算的级别再看一下。这几个构象的能量差距很小。另外可以做一下构象搜索看一下。 |
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