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gromacs跑完蛋白蛋白体系后计算结合自由能出现问题

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lmtt

发布时间: 2025-5-16 20:03

正文摘要:

各位老师好，用gromacs跑完蛋白蛋白体系的动力学模拟之后，提取稳定段的1000个构象在gmxMMPBSA软件中计算结合自由能。选用的igb，和IE熵，算完发现结合自由能很低，负一百多kcal/mol，并且SD也很大，官网说计算IE ...

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lmtt 发表于 Post on 2025-5-21 13:14:49

jackshoulder 发表于 2025-5-19 11:02
什么体系，内部介电常数设置为10，这么大，如果是带电体系，像核酸-小分子体系，建议设置为3-5试试，蛋白- ...

好嘞，谢谢老师！

jackshoulder 发表于 Post on 2025-5-19 11:02:59

什么体系，内部介电常数设置为10，这么大，如果是带电体系，像核酸-小分子体系，建议设置为3-5试试，蛋白-核酸体系，设置为3左右。deltaG负的很多并不一定是错误的，就像蛋白-蛋白体系和蛋白-核酸体系，结合自由能就是负的很多。SD一般也在10-20左右，这个SD与你的轨迹稳定性有很大影响。至于这个熵效应，如果不是很必要，可以不用计算，因为你用MMGBSA算结合自由能，现目前较多文章中也是可行的。

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