求助-ATB构建的拓扑结构电荷一列异常，请教解决办法

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发布时间: 2025-5-18 01:35

本帖最后由 HYUAN 于 2025-5-18 01:35 编辑各位老师好，我使用了ATB生成聚苯乙烯的拓扑结构（单体数目60），用于GROMACS中的gromos 54A7力场，然而从ATB下载得到的对应拓扑结构的电荷一列不能正常显示，全部显示 ...

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HYUAN 发表于 Post on 2025-5-18 02:33:04

sobereva 发表于 2025-5-18 02:20
8成是体系太大，超过了ATB能处理的范围

建议用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF的拓 ...

好的好的，谢谢老师，我后面用sobtop生成试试

sobereva 发表于 Post on 2025-5-18 02:20:19

8成是体系太大，超过了ATB能处理的范围

建议用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF的拓扑文件，聚合物的原子电荷怎么获得在网页里也说了。GROMOS力场描述这个比起GAFF没有任何特别的优点，没必要非得用。

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