SJHuang 发表于 2025-5-19 14:04
感谢回答，KAPPA调高会有利于跳出local minima。因为我这里是个别的ref会有这个情况，后续会倾向于在这re ...

我也遇到这样的问题，这样应该怎么解决，博主解决了吗

student0618 发表于 2025-5-19 11:54
Umbrella sampling 一般都会需要有点trial and error，这个陷入local minima很常见，KAPPA可调更高。

我 ...

感谢回答，KAPPA调高会有利于跳出local minima。因为我这里是个别的ref会有这个情况，后续会倾向于在这ref旁边再插入一帧ref。其实我主要还是对LAMBDA这个参数的调试有疑问。
我也试过用PATHMSD+WTMetaD，LAMBDA=500的时候跑一段时间后模拟会自己停下（具体原因不知道为啥，也没有报错），就是一直停在step 11636600, will finish这里。调成LAMBDA=300时又可以一直跑，想知道这个参数要如何调整，因此来询问各位老师。

Umbrella sampling 一般都会需要有点trial and error，这个陷入local minima很常见，KAPPA可调更高。

我只用过Geometric path CV (path 的 gspath) 而不是PATHMSD，那时用的restraint(KAPPA) 试了500至2000，最后忘记用那个了。那时protocol和楼主差不多，不过是Amber跑GaMD再选两个trajectory用umbrella sampling refine FES。