sobereva 发表于 2025-5-22 15:02
MMFF94可以勉强凑合。也可以尝试用https://molmodel.com/hg/python_DENR_charges/算电荷（我并未实际用过 ...

好的，感谢sob老师的耐心解答，我先试试用MMFF94

oorangew 发表于 2025-5-22 11:25
好的，谢谢老师！我还有个疑问，木质素的这种结构（图示分子结构有400个原子）用sobtop产生top文件的话可 ...

MMFF94可以勉强凑合。也可以尝试用https://molmodel.com/hg/python_DENR_charges/算电荷（我并未实际用过，只是审JCIM稿子时注意到，有问题需咨询作者），比MMFF94的静电势重现性好一些，而且也不依赖于量化计算，但质量明显不及RESP

sobereva 发表于 2025-5-21 04:05
这是极为主流、稳健的用于有机体系的力场，没什么可comment之处

好的，谢谢老师！我还有个疑问，木质素的这种结构（图示分子结构有400个原子）用sobtop产生top文件的话可以指认MMFF94力场电荷吗，还是建议计算RESP电荷呢？老师另外想让我做的分子有1000＋原子，木质素的结构单元和键连接方式的复杂原因所以整个聚合物的重复的程度较小，所以如果像sobtop主页中提及的套用模型体系来计算各个单元的RESP电荷貌似不太理想。

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-5-20 09:55
社长，从结构上看“木质素分子和重金属离子”的相互作用应该涉及水的氧和酚的氧发生配体交换的反应过程吧 ...

除非是反应力场，否则不能

oorangew 发表于 2025-5-20 09:29
感谢sob老师的回复。这样的话审稿人会不会comment为什么用这个力场呢？

这是极为主流、稳健的用于有机体系的力场，没什么可comment之处

sobereva 发表于 2025-5-20 06:12
用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）就可以，基于GAFF或GAFF2力场

社长，从结构上看“木质素分子和重金属离子”的相互作用应该涉及水的氧和酚的氧发生配体交换的反应过程吧，这种配位与解离的成键断键过程能用经典分子力场的MD模拟来描述么？

sobereva 发表于 2025-5-20 06:12
用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）就可以，基于GAFF或GAFF2力场

感谢sob老师的回复。这样的话审稿人会不会comment为什么用这个力场呢？

用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）就可以，基于GAFF或GAFF2力场