计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 将配体的gro文件加入pdb2gmx产生的蛋白gro文件末尾，VMD ...

将配体的gro文件加入pdb2gmx产生的蛋白gro文件末尾，VMD观察到配体断裂

查看数: 259 | 评论数: 6 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

BerlinMou

发布时间: 2025-5-20 17:20

正文摘要:

各位老师好，在使用Gromacs进行蛋白质-配体的模拟时，首先使用了Sobtop产生了配体的拓扑文件和结构文件，随后将结构文件加入到pdb2gmx产生的蛋白质结构文件的末尾，并修改了原子数，保存为complex.gro。用VMD观察 ...

回复 Reply

BerlinMou 发表于 Post on 2025-5-23 08:40:24

本帖最后由 BerlinMou 于 2025-5-23 10:06 编辑

sobereva 发表于 2025-5-23 06:20
C端末尾的羧基本来就是两个O

脑子糊涂，忘记这回事了。现在我把最后两个氧原子重新命名成O就没问题了，感谢社长！

sobereva 发表于 Post on 2025-5-23 06:20:37

BerlinMou 发表于 2025-5-22 14:27
谢谢Sob老师！我检查了一下，我的蛋白质gro文件末尾最后一组的残基都多了一个氧原子，且命名不标准（见下 ...

C端末尾的羧基本来就是两个O

sobereva 发表于 Post on 2025-5-22 04:01:43

BerlinMou 发表于 2025-5-21 11:14
老师，我用 Visual Studio Code 处理了一下发现配体的颜色已经能正常显示，且经过自己核对，发现：
①断 ...

看下文
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

默认情况下VMD怎么显示的连接关系，跟你做动力学用的实际的连接关系是两码事

如果连接关系判断有问题，残基上出现了多余的或存在缺失的键，可能导致没法正常判断为蛋白质残基。也可能原子名或残基名不标准导致没法判断为蛋白质部分

sobereva 发表于 Post on 2025-5-21 06:02:52

你编辑的gro文件的部分列都错位了。gro是固定格式文件

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register