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两种方式将Gaussian输出文件转换成.gjf文件,得到的构象和坐标问题

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发布时间: 2025-5-23 15:20

正文摘要:

我有许多个几何优化后的Gaussian输出文件,希望获得之中最后一帧的结构,并用于单点能计算,我做了接下来两个步骤: 1、我利用博文一键把所有gjf文件转成xyz文件、把所有Gaussian输出文件转成gjf文件的脚本 - 思想 ...

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Daniel_Arndt 发表于 Post on 2025-5-24 14:52:09
应该是输出文件里Input orientation和Standard orientation的区别。
wwwwwt 发表于 Post on 2025-5-23 16:39:16
chands 发表于 2025-5-23 16:19
应该是GaussView改变了分子的朝向。对单点能计算都没影响。因为你算的是分子内部的能量(电子的动能,电子 ...

谢谢,明白了
wwwwwt 发表于 Post on 2025-5-23 16:38:42
Dyyyzz 发表于 2025-5-23 16:12
1. 不影响。
2. 不影响。
只是为了算个单点的话最简单的方法就是你做的第二种方法。

谢谢,明白了,主要是为了大量输出文件的转换,所以要涉及第一种方式
chands 发表于 Post on 2025-5-23 16:19:21
应该是GaussView改变了分子的朝向。对单点能计算都没影响。因为你算的是分子内部的能量(电子的动能,电子与原子核之间相互作用的势能,原子核之间相互作用的势能),不是分子整体的能量(分子整体的动能,分子与外界作用的势能等)
Dyyyzz 发表于 Post on 2025-5-23 16:12:18
1. 不影响。
2. 不影响。
只是为了算个单点的话最简单的方法就是你做的第二种方法。
通过不同的方法保存下来的结构有位置、坐标的差异很正常,但结构是同一个,不信你测一下键长键角就知道了。

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