Daniel_Arndt 发表于 2025-5-30 11:43
如果你说的umbrella integration是从umbrella sampling的数据得到potential of mean force的一种方法的话 ...

我看过他的文章 J. Chem. Phys. 123, 144104 (2005)
umbrella integration是WHAM的一种改进，给出的势能会平滑一点。
CP2K的metadynamics模块比较成熟、thermodynamic integration也能用，这个umbrella integration好像没弄好。

chands 发表于 2025-5-27 15:29
thermodynamic integration 好办，但是这个umbrella integration像个半拉子工程

如果你说的umbrella integration是从umbrella sampling的数据得到potential of mean force的一种方法的话，那你应该看Johannes Kästner的文章，因为他提出了这种方法。

一般情况下，大家喜欢用WHAM从umbrella sampling的数据得到potential of mean force。

使用plumed来做应该方便一些

Daniel_Arndt 发表于 2025-5-27 15:19
thermodynamic integration的话，应该可以看看 https://doi.org/10.1039/C1CP21244C 、https://doi.org/10. ...

thermodynamic integration 好办，但是这个umbrella integration像个半拉子工程

thermodynamic integration的话，应该可以看看 https://doi.org/10.1039/C1CP21244C 、https://doi.org/10.1021/ja311144d 。