sobereva 发表于 2025-6-10 11:59
首先确保pdb里盒子正确，以能够正确判断出跨盒子的键
其次，如果sobtop自动根据原子距离判断的成键关系 ...

谢谢sob老师，这个我回去解决了，的确是出现了误判，导致Al-Al被错误判别形成了键

方方方 发表于 2025-6-10 11:41
，sob老师，我回去检查了下，发现应该是我的载入文件的问题，在我载入文件中有14个铝原子，但是仅有4 ...

首先确保pdb里盒子正确，以能够正确判断出跨盒子的键
其次，如果sobtop自动根据原子距离判断的成键关系对当前体系不合理，应当自行设置bondcrit.dat文件，指定原子间距离在多少范围内被判断为成键

sobereva 发表于 2025-6-9 23:44
要么载入的文件有问题、记录的链接关系不正确，要么没恰当定义AT_assign.dat、没恰当定义原子类型的判据 ...

，sob老师，我回去检查了下，发现应该是我的载入文件的问题，在我载入文件中有14个铝原子，但是仅有4个铝原子被识别正确（同6个O连接），其余10个铝原子均被识别为7个键连接
我把我的结构文件（这个是通过multiwfn生成的）和在sobtop里面增加的相关内容贴在下面，不知道sob老师能否看一下哪里有问题
assign_AT.dat

1. $Al_Al2O3 1.575
   
2. nbond 6
   
3. element Al
   
4. 
   
5. $O_Al2O3 -1.05
   
6. nbond 4
   
7. element O
   
8. 
   
9. $Oh_Al2O3 -0.95
   
10. nbond 3
    
11. element O
    
12. 
    
13. $Ho_Al2O3 0.425
    
14. nbond 1
    
15. element H

复制代码

LJ_param.dat

1. ; AL2O3-CLAYFF
   
2. Al_Al2O3  2.39723     1.3297E-06    ;Al in bulk Al2O3
   
3. O_Al2O3   1.7766      0.1555                   ;O in bulk Al2O3
   
4. Oh_Al2O3  1.7766      0.1555            ;O in surface
   
5. Ho_Al2O3   0.00        0.0000                   ;H in surface
   

复制代码

bonded_param.dat

1. ;Al2O3
   
2. Oh_Al2O3-Ho_Al2O3        554.1348        1.000
   
3. $ANGLE
   
4. Al_Al2O3-Oh_Al2O3-Ho_Al2O3 7.5 110.0
   
5. Al_Al2O3-Oh_Al2O3-Al_Al2O3 400.0 100.0

复制代码

sobereva 发表于 2025-6-9 23:44
要么载入的文件有问题、记录的链接关系不正确，要么没恰当定义AT_assign.dat、没恰当定义原子类型的判据 ...

好的sob老师，我再回去看看

方方方 发表于 2025-6-9 20:30
谢谢sob老师，我在采取了您的意见之后，使用超胞生成itp文件， ...

要么载入的文件有问题、记录的链接关系不正确，要么没恰当定义AT_assign.dat、没恰当定义原子类型的判据。这不叫误判，根本不是sobtop的问题

方方方 发表于 2025-5-29 12:40
不知道为啥一直说有不良信息

当然对超胞产生
认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ16

sobereva 发表于 2025-5-29 12:07
没有结构文件或者截图，别人不知道你实际模拟的体系是什么样
倘若实际模拟的是氧化铝超胞，不可能只给grom ...

谢谢sob老师，我把拓扑文件补上

没有结构文件或者截图，别人不知道你实际模拟的体系是什么样
倘若实际模拟的是氧化铝超胞，不可能只给gromacs提供一个单胞的itp文件

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “氧化铝力场文件编写” 改了，以后务必注意！