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关于该分子中氮原子的显电性问题

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发布时间: 2025-5-29 17:33

正文摘要:

各位老师,本人最近在研究如下图所示的分子,通过M062X/def2-tzvp优化后,计算了一下各原子的Hirshfeld和ADCH电荷(Hirshfeld电荷:N9:0.0356  N10:-0.0428。ADCH电荷:N9:0.127  N10:-0.107 ) ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-6-10 21:43:19
菲比的洪均 发表于 2025-6-10 15:33
sob老师,学生又有个问题得请教您了,对于N9-N10键,在LOL-pi图中可以看出,他们之间没有pi电子离域,计 ...

Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html
此文明确说了:
还值得一提的是,Mayer键级分别接近于1.0、2.0、3.0并不意味着成键特征就一定是单键、双键、三键。比如一个很弱的pi键+一个稍弱的sigma键,Mayer键级往往也在1.0附近。再比如两个弱pi键和一个普通的sigma键,Mayer键级往往也在2.0附近。Carbon, 165, 468 (2020)里笔者做了18碳环的C-C键本质的研究,其较长的C-C键的Mayer键级是1.256,但本质上是两个很弱的pi键结合一个普通的sigma键。显然根据Mayer键级数值判断成键的多重度是不合理的。如果你觉得原子间可能形成多重键,我强烈建议做NAdO分析将键级分解成轨道图像,成键本质就一目了然了,参见《使用键级密度(BOD)和自然适应性轨道(NAdO)图形化研究化学键》(http://sobereva.com/535)、《使用Multiwfn对周期性体系做键级分析和NAdO分析考察成键特征》(http://sobereva.com/719)。此外,在《18个氮原子组成的环状分子长什么样?一篇文章全面揭示18氮环的特征!》(http://sobereva.com/725)中介绍的笔者的18氮环的研究文章中做的NAdO分析是其极好的应用实例,推荐参考。
菲比的洪均 发表于 Post on 2025-6-10 15:33:13

sob老师,学生又有个问题得请教您了,对于N9-N10键,在LOL-pi图中可以看出,他们之间没有pi电子离域,计算出的拉普拉斯键级为0.78,mayer键级为1.03,在形式键级上都与1接近,说明他们之间成的是单键。但是通过NAdO分析该键时,发现Eigenvalues of NAdOs: (sum=   1.34044 ),其中有本征值最正的三个为:0.87554   0.40837   0.14374,分别对应他们之间的sigma键和两个pi键,请问老师这是不是与LOL-pi分析和拉普拉斯键级分析发生了矛盾呢,他们之间到底有没有形成pi键呢
sobereva 发表于 Post on 2025-6-10 11:56:57
菲比的洪均 发表于 2025-6-9 20:58
sob老师您好,学生还有个问题想问一下,对于环C1N8N5N6N7来说,他的LOL-pi图可以看出也形成了pi电子离域 ...

没什么异常
菲比的洪均 发表于 Post on 2025-6-10 08:42:06

sob老师,结构图和LOL-pi图均在该帖子中,前述已经发过了,C1N8N5N6N7指的是原子序号,不是原子个数,我没有表达清楚
sobereva 发表于 Post on 2025-6-9 23:50:11
菲比的洪均 发表于 2025-6-9 20:58
sob老师您好,学生还有个问题想问一下,对于环C1N8N5N6N7来说,他的LOL-pi图可以看出也形成了pi电子离域 ...

贴图说事
菲比的洪均 发表于 Post on 2025-6-9 20:58:01
sobereva 发表于 2025-6-3 10:02
从你的Multiwfn+VMD绘制的LOL-pi图上可以看到N12-C2-N9形成了三中心共轭,N9上的孤对电子出现了往C2上的 ...

sob老师您好,学生还有个问题想问一下,对于环C1N8N5N6N7来说,他的LOL-pi图可以看出也形成了pi电子离域,只是在N8N5处没有连通,而该环上的其他地方都连通了,请问老师这样的情况算正常吗
菲比的洪均 发表于 Post on 2025-6-3 10:28:56
sobereva 发表于 2025-6-3 10:02
从你的Multiwfn+VMD绘制的LOL-pi图上可以看到N12-C2-N9形成了三中心共轭,N9上的孤对电子出现了往C2上的 ...

好的,谢谢sob老师的指点
sobereva 发表于 Post on 2025-6-3 10:02:39
菲比的洪均 发表于 2025-5-30 11:11
谢谢老师。学生还有一个疑问,就是根据LOL-pi等值面图,是否可以说明在2、9、10、11、12这个五元环中,是 ...

从你的Multiwfn+VMD绘制的LOL-pi图上可以看到N12-C2-N9形成了三中心共轭,N9上的孤对电子出现了往C2上的离域而减少了N9的电子数,令其原子电荷变得为轻微正值
菲比的洪均 发表于 Post on 2025-6-3 08:35:52
北大-陶豫 发表于 2025-5-30 15:38
我不太懂LOL-pi等值面图,但我觉得你这种说法挺违背化学直觉的。因为6个电子首尾相连的共轭体系有芳香性 ...

好的,谢谢陶老师,我再研究研究
北大-陶豫 发表于 Post on 2025-5-30 15:38:08
菲比的洪均 发表于 2025-5-30 11:11
谢谢老师。学生还有一个疑问,就是根据LOL-pi等值面图,是否可以说明在2、9、10、11、12这个五元环中,是 ...

我不太懂LOL-pi等值面图,但我觉得你这种说法挺违背化学直觉的。因为6个电子首尾相连的共轭体系有芳香性,而你这种说法仿佛6个电子没有形成首尾相连的共轭体系一样。
菲比的洪均 发表于 Post on 2025-5-30 11:11:06
北大-陶豫 发表于 2025-5-30 10:58
我觉得就是因为5号氮连着碳,氮的电负性大于碳,吸了碳的电子而已

谢谢老师。学生还有一个疑问,就是根据LOL-pi等值面图,是否可以说明在2、9、10、11、12这个五元环中,是12、2、9三个原子发生了共轭,11和10这两个原子发生了共轭,而不是他们5个一起发生了共轭。或者说虽然是他们5个发生了共轭,但是12、2、9这三个原子的Π电子只在他们这三个原子之间运动,11、10这两个原子的Π电子只在他们这两个原子之间运动。
北大-陶豫 发表于 Post on 2025-5-30 10:58:12
菲比的洪均 发表于 2025-5-30 10:15
谢谢老师。我计算了一下5,17,21号氮原子的电荷,发现他们确实也带正电。另外还发现,5号的带正电量(AD ...
5号的带正电量(ADCH电荷:0.279)要大于9号的


我觉得就是因为5号氮连着碳,氮的电负性大于碳,吸了碳的电子而已
菲比的洪均 发表于 Post on 2025-5-29 21:47:19
北大-陶豫 发表于 2025-5-29 21:04
因为这个环上的9号氮是带有孤对电子的,10=11和2=12是两根双键,这一对孤对电子和两个π键组成了具有芳香性 ...

谢谢陶老师,我大致好像理解了,我再琢磨琢磨

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