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柔性扫描后得到过渡态结构不理想

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发布时间: 2025-5-30 15:10

正文摘要:

本帖最后由 牛肉和萝卜秧子 于 2025-5-30 16:38 编辑 前辈好,我想做与这个文献反应相似的一个反应(图一),想得到过渡态结构,所以在优化后的结构基础上做了柔性扫描(输入文件输出文件已压缩上传),输出结果 ...

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牛肉和萝卜秧子 发表于 Post on 2025-6-3 09:47:23
sai77 发表于 2025-5-31 21:14
没看懂图一的反应过程,过渡态羰基alfa位两个H,体系中性,怎么到了3a_int变成了负电,H也少了?
TS结构的 ...

好的前辈!我这个脑子还真没想到反过来做一下,我去尝试一下
牛肉和萝卜秧子 发表于 Post on 2025-6-3 09:40:42
chands 发表于 2025-5-30 17:14
我猜你的反应在溶液中进行?但输入里没有溶剂模型欸(?)(可能需要再带负电荷的氧附近包几个溶剂分 ...

万分感谢前辈的回答,文献里提到是气相中反应,所以没加溶剂;我这就去看看负电荷加弥散的问题。
sai77 发表于 Post on 2025-5-31 21:14:23
没看懂图一的反应过程,过渡态羰基alfa位两个H,体系中性,怎么到了3a_int变成了负电,H也少了?
TS结构的羰基alfa位也带负电荷才对,那这就是一步逆Michael加成嘛

从你的扫描结果看,你的这个反应好像是要两步:先C-O断开,O负再攫氢
从原料扫产物不行就反过来试试,先把C-O断开的int优化出来
chands 发表于 Post on 2025-5-30 17:14:42
本帖最后由 chands 于 2025-5-30 17:16 编辑
牛肉和萝卜秧子 发表于 2025-5-30 16:39
不好意思前辈,编辑图把压缩文件忘了,已上传
  1. #p opt=modredundant b3lyp/6-31g(d)

  2. Title Card Required

  3. -1 1
复制代码


我猜你的反应在溶液中进行?但输入里没有溶剂模型欸(?)(可能需要再带负电荷的氧附近包几个溶剂分子,即显式-隐式溶剂模型)http://sobereva.com/327 http://sobereva.com/406

基组问题,我建议带负电荷要加弥散 http://sobereva.com/119

TS可能在你选取的构象和下一个构象之间,不过我建议你先考虑上面的问题。
牛肉和萝卜秧子 发表于 Post on 2025-5-30 16:39:25
本帖最后由 牛肉和萝卜秧子 于 2025-5-30 16:46 编辑
chands 发表于 2025-5-30 16:24
没有输入输出文件欸

不好意思前辈,编辑图把压缩文件忘了,已上传


chands 发表于 Post on 2025-5-30 16:24:56
没有输入输出文件欸

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