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在使用隐式溶剂模型优化结构并计算单点能时遇到的问题

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TUT
发布时间: 2025-5-30 16:34

正文摘要:

本帖最后由 TUT 于 2025-5-30 18:25 编辑 近期在使用Gaussian隐式溶剂模型时遇到了一个难题,自己钻研很久仍未找到合适的解法,希望得到各位老师的指点!具体如下: 我想计算同一物质的两种构象a和b在溶剂中( ...

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TUT 发表于 Post on 2025-6-4 10:54:22
sai77 发表于 2025-6-4 07:39
Tools-Point Group里调整

好的,谢谢老师的帮助
sai77 发表于 Post on 2025-6-4 07:39:59
TUT 发表于 2025-6-3 20:38
其实我尝试过用mo62x/def2TZVP算单点能,只是结果还是背离预期的a的能量比b更低,所以就没有继续用了。请 ...

Tools-Point Group里调整


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TUT 发表于 Post on 2025-6-3 20:38:37
本帖最后由 TUT 于 2025-6-3 20:40 编辑
sai77 发表于 2025-5-31 20:51
为什么单点能的基组跟优化保持一样的?至少应该提升一到两个档次吧
另外结构a应该是C2v对称的,你给的结果 ...

其实我尝试过用mo62x/def2TZVP算单点能,只是结果还是背离预期的a的能量比b更低,所以就没有继续用了。请问老师调整a的对称性应该怎么操作呢?
chands 发表于 Post on 2025-6-1 00:50:02
sai77 发表于 2025-5-31 20:51
为什么单点能的基组跟优化保持一样的?至少应该提升一到两个档次吧
另外结构a应该是C2v对称的,你给的结果 ...

单点能的级别是要高点,我同意。
对称性方面,Gaussian默认的对称性的阈值比较严,差一丁点都不行,我的经验是Gaussian经常判低了对称性,除非更改Tolerance。
sai77 发表于 Post on 2025-5-31 20:51:12
本帖最后由 sai77 于 2025-5-31 20:55 编辑

为什么单点能的基组跟优化保持一样的?至少应该提升一到两个档次吧
另外结构a应该是C2v对称的,你给的结果只优化到了C2,还可以进一步调整对称性继续优化
TUT 发表于 Post on 2025-5-31 18:06:58
chands 发表于 2025-5-31 12:15
要计算自由能差值,因为自由能差值(等温等压下是Gibbs自由能)与平衡系数直接相关。
我按照你gjf的级别 ...

好的,那我再算一下试试,感谢老师的帮助
chands 发表于 Post on 2025-5-31 12:15:33
TUT 发表于 2025-5-31 11:53
原来还要计算自由能,谢谢老师指导!附件里的gif是真空优化出的结构,请问老师是在m062x-D3/6-31G+(d,p) ...

要计算自由能差值,因为自由能差值(等温等压下是Gibbs自由能)与平衡系数直接相关。
我按照你gjf的级别算的,没动过。
除非溶质分子与溶剂分子有相当强的作用(比如形成氢键),真空优化的结构和加溶剂模型优化的结构应该差不多。你用真空优化也没啥问题。考虑到你的分子有对称性,优化和振动分析时加上对称性会节省时间。
TUT 发表于 Post on 2025-5-31 11:53:34
chands 发表于 2025-5-30 20:44
我用你附件里的结构、级别和溶剂模型直接计算单点能
A=-1196.620869 Hartree
B=-1196.621324 Hartree

原来还要计算自由能,谢谢老师指导!附件里的gif是真空优化出的结构,请问老师是在m062x-D3/6-31G+(d,p)下计算的能量吗?不经过溶剂模型做结构优化直接用溶剂模型计算单点能的结果也是可用的吗?
chands 发表于 Post on 2025-5-30 20:44:31
本帖最后由 chands 于 2025-5-30 20:47 编辑

我用你附件里的结构、级别和溶剂模型直接计算单点能
A=-1196.620869 Hartree
B=-1196.621324 Hartree
B低了11 kJ/mol 左右吧。不过严格来说要比较自由能。

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