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求助gromacs计算带金属离子的蛋白，金属离子力场怎么配

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发布时间: 2025-5-30 21:09

正文摘要:

给位老师好！请问gromacs计算带金属离子的蛋白，金属离子力场怎么配？是按一般小分子处理吗？

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hutaonilu 发表于 Post on 2025-11-20 23:30:02

student0618 发表于 2025-11-20 16:13
先检查一下配位残基的氢是否加对

配位残基加氢是没问题

student0618 发表于 Post on 2025-11-20 16:13:41

hutaonilu 发表于 2025-11-20 16:07
想问一下，我蛋白质的结构性钙离子会在模拟过程中跑出蛋白，要进行多一步的限制吗？具体需要怎么做呢？

先检查一下配位残基的氢是否加对

hutaonilu 发表于 Post on 2025-11-20 16:07:56

想问一下，我蛋白质的结构性钙离子会在模拟过程中跑出蛋白，要进行多一步的限制吗？具体需要怎么做呢？

SUOLQWEE 发表于 Post on 2025-11-18 20:15:13

AlexTaylor 发表于 2025-11-6 15:34
解决了吗

我后来用MCPB的方法做的，这个教程比较多，容易复现

AlexTaylor 发表于 Post on 2025-11-6 15:34:22

SUOLQWEE 发表于 2025-7-4 20:28
你好，我也在做一个含锌离子的蛋白的复合物模拟，我想请教一下，使用sobtop的意思是将金属离子单独拿出来看 ...

解决了吗

student0618 发表于 Post on 2025-7-5 00:12:50

目的不同、体系不同，方法也不同。

最简单的Nonbonded model拿力场的ions参数也有，
不同配位数的Dummy stom model也有如tetrahedral zinc 的CaDA，
现成的bonded model 也有如tetrahedral zinc 的ZAFF
按需要自行建立的Bonded model也可能

SUOLQWEE 发表于 Post on 2025-7-4 20:28:35

你好，我也在做一个含锌离子的蛋白的复合物模拟，我想请教一下，使用sobtop的意思是将金属离子单独拿出来看做小分子生成立场吗？然后按照第二个小分子看待来进行后续模拟？

username 发表于 Post on 2025-5-31 15:43:11

18217265596 发表于 2025-5-31 12:40
前两者水模型自带 Zn如果成键就sobtop

好的，谢谢

18217265596 发表于 Post on 2025-5-31 12:40:12

username 发表于 2025-5-31 10:57
sob老师你好，是同时含有Ca、Na、Zn三种金属的蛋白，还要小分子配体，蛋白质用amber99.ff力场

前两者水模型自带 Zn如果成键就sobtop

username 发表于 Post on 2025-5-31 10:58:14

18217265596 发表于 2025-5-30 22:24
sobtop

好的，谢谢

username 发表于 Post on 2025-5-31 10:57:19

sobereva 发表于 2025-5-30 22:57
问题不明确
先说清楚是什么金属。过渡金属和碱/碱土金属的处理有天壤之别。并且说明当前蛋白质用的什么力 ...

sob老师你好，是同时含有Ca、Na、Zn三种金属的蛋白，还要小分子配体，蛋白质用amber99.ff力场

sobereva 发表于 Post on 2025-5-30 22:57:49

问题不明确
先说清楚是什么金属。过渡金属和碱/碱土金属的处理有天壤之别。并且说明当前蛋白质用的什么力场

18217265596 发表于 Post on 2025-5-30 22:24:17

sobtop

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