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如何在GROMACS模拟中稳定水合物结构以及有效合成水合物结构

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Flyearth

发布时间: 2025-6-1 13:07

正文摘要:

本人在初始体系中加入丙烷（OPLS-AA）、氢气（terface）与水分子（TIP4P）在体系内随机分布，先经过能量最小化然后经过nvt系综控制温度至250K，之后经过npt系综控制压强至70MPa，最后在250K、70MPa的条件下进行模拟 ...

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Flyearth 发表于 Post on 2025-6-3 16:12:26

chenzhe 发表于 2025-6-3 10:00
八成力场文件错了，tip4pice就是你在常温常压下，水合物都不会立马分解。

谢谢老师，我改成tip4p-ice确实就成了

chenzhe 发表于 Post on 2025-6-3 10:00:36

Flyearth 发表于 2025-6-1 14:01
想请教一下老师，tip4p与tip4p/ice是只有力场文件上的差异在结构文件上应该都是四点位水吗，我从http://b ...

八成力场文件错了，tip4pice就是你在常温常压下，水合物都不会立马分解。

牧生 发表于 Post on 2025-6-1 13:20:05

1、模拟就是模拟，不是仿真
2、水模型应该用TIP4P/ICE，而不是TIP4P
3、预先向盒子中加入晶胞作为种子，可以在短时间内看到水合物的生长，但你这里分解了，可能与水模型不恰当有关
4、氢气水合物比较难以形成，你可以先试试模拟CO2水合物的生长，这个挺快的，有晶胞种子的情况下，10MPa，270K条件下即可快速生长。

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