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gromacs结果的快照根据分子密度进行染色,得到heatmap

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发布时间: 2025-6-2 20:33

正文摘要:

如题,我想对gromacs运算后得到的某一帧结构进行后处理,我研究的是在NVT系综下,水分子在载体表面的蒸发行为,能够观察到随着模拟时间的增长,载体表面的水分子会有向盒子上方运动的趋势,水分子的密度出现稀疏之分 ...

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杂算者 发表于 Post on 2025-6-3 23:33:20
sobereva 发表于 2025-6-3 23:20
不需要上、下限非得分别跟格点数据最小、最大值一致。颜色区分不出来就减小色彩刻度范围

感谢sob老师,我再尝试一下
sobereva 发表于 Post on 2025-6-3 23:20:26
杂算者 发表于 2025-6-3 23:13
sob老师,我使用了volmap生成的格点数据进行染色,格点数据范围从0-3.85,但我发现,比如使用RWB的色彩模 ...

不需要上、下限非得分别跟格点数据最小、最大值一致。颜色区分不出来就减小色彩刻度范围
杂算者 发表于 Post on 2025-6-3 23:13:15

sob老师,我使用了volmap生成的格点数据进行染色,格点数据范围从0-3.85,但我发现,比如使用RWB的色彩模式,我设置color scale data range跟格点数据的范围匹配,即0-3.85,此时显示的染色效果就只有蓝色,我将color scale data range换成-3.85到0则只有红色,想请教sob老师我该怎么样调整,能够在格点数据只有正值的情况下绘制出颜色渐变的热图呢
sobereva 发表于 Post on 2025-6-2 23:30:10
杂算者 发表于 2025-6-2 22:29
谢谢sob老师,我想问问volmap给的这个数据我能用于着色嘛,如果不行,我去哪里获取空间分布函数的格点数 ...

杂算者 发表于 Post on 2025-6-2 22:29:51
sobereva 发表于 2025-6-2 20:47
用诸如quicksurf方式显示等值面,用空间分布函数的格点数据进行着色

谢谢sob老师,我想问问volmap给的这个数据我能用于着色嘛,如果不行,我去哪里获取空间分布函数的格点数据呢
sobereva 发表于 Post on 2025-6-2 20:47:50
用诸如quicksurf方式显示等值面,用空间分布函数的格点数据进行着色

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