计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

gromacs模拟Atomtype c3 not found求助

查看数: 216 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
csm
发布时间: 2025-6-3 10:54

正文摘要:

各位老师好,我在做gromacs培训班里的关于常温常压下模拟乙醇+水盒子的模拟的练习,目前是在能量极小化这一步,输入了指令:gmx grompp -f em.mdp -c mix.pdb -p mix.top -o em.tpr -maxwarn 1,但是却出现了如图所 ...

回复 Reply

Lance先生 发表于 Post on 2025-6-3 14:07:14
引用的主力场里面加上c3原子类型。
sobereva 发表于 Post on 2025-6-3 12:25:31
[atomtypes]里没定义c3原子类型。仔细看我课上给的file文件包里的相关文件,以及讲义上的计算流程说明,不要跳步。
并且以后拓扑文件要给就给全了,别光给被include的itp而不给主top文件

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 04:37 , Processed in 0.180133 second(s), 31 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list