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求助：蛋白配体复合物限制性动力学时报错“Update groups can not be used for thi...

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小马仙人

发布时间: 2025-6-5 01:18

正文摘要:

最近自己在尝试将分子对接的配体和蛋白复合物进行动力学模拟，在进行到100ps的分子动力学模拟时，出现报错“Update groups can not be used for this system because atoms that are (in)directly constrained toget ...

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小马仙人 发表于 Post on 2025-6-5 13:03:39

sobereva 发表于 2025-6-5 08:59
此提示说明由于拓扑文件的原因没法用默认的-update gpu，和报错终止计算完全是两码事。用正经的Linux系统（ ...

谢谢sob老师，我用论坛里提供的win-cpu版本成功运行起限制动力学了。后面的常规动力学在wsl2的gpu版本也成功运行上了,我先将就着用两个版本gmx组合跑MD吧。

sobereva 发表于 Post on 2025-6-5 08:59:28

此提示说明由于拓扑文件的原因没法用默认的-update gpu，和报错终止计算完全是两码事。用正经的Linux系统（甭用WSL之类不伦不类的），如果还崩溃说明拓扑文件有问题，或者当前gromacs版本bug

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