Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-6-9 15:35 好的，非常感谢老师的耐心解答，前面两个帖子的问题已经解决了！ |
ljq632 发表于 2025-6-9 13:36 指望“给定密度随机填充原子”构建初始体系，交给DFT计算（无论几何优化还是分子动力学）就能自动反应，变成化学合理的凝聚相结构（无论完全有序的晶态还是仅局域有序的无定形态），多少有点异想天开。且不说DFT能否正确描述某些特别怪异的局部原子接触，有没有想过发生这系列过程的时间尺度会比你能算得动的长很多很多？ 我的建议是赶紧先读读无机结构化学基础及晶态硅酸盐（包括钠钙之外的）的微观描述，至少对[SiO4]四面体及其连接方式有个概念，做什么CP2K和DeePMD-kit的计算也先从晶态结构开始尝试。等这些比较有把握了再碰无定形结构的计算，注意看做合理DFT计算的文献构建无定形体系到底是“随机填充原子”，还是“随机填充已知的结构单元”，还是“从结晶态结构出发升温熔化”，还是别的什么方法。 |
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-6-9 13:29 是这样的老师，初始建模我用的是ms，给定密度（2.46g/cm3这个是文献中查到的）原子随机填充，这个就是建模的过程，随后用这个结构跑aimd，温度设定300K，然后从稳定300K中抽取的结构，就是我用来跑CP2K结构优化的结构了，前贴您提到的问题我没注意到实在是不好意思！ |
| 哪来的诡异结构，盒子尺寸也过大，原子排布也缺乏化学意义，现实的无定形钠钙硅酸盐多半不长这样，做优化又有什么用呢。我在你前帖http://bbs.keinsci.com/thread-53829-1-1.html问了好几次具体的建模过程你也不说，提议的“从已知的类似组成的结晶态结构出发，做上千K的高温分子动力学模拟使其充分熔化，再缓慢降温到目标温度”也没见回复…… |
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