chenmoya 发表于 2025-6-18 11:48 老师请问遇到这样的约束有问题的报错找到对应的序号如何修改原有的top |
sobereva 发表于 2025-6-19 05:51 谢谢老师答复 |
neocc 发表于 2025-6-18 16:16 好的，谢谢回复 |
chenmoya 发表于 2025-6-18 11:48 压浴原理不同，PR是强耦合压浴。而且对于>=2023版，PR这种二阶压浴和C-rescale这种一阶压浴默认的nstpcoupl也不同 |
|
本帖最后由 neocc 于 2025-6-18 16:17 编辑 有没有可能是top文件和pbd文件的分子顺序不对应，在能量最小化的时候，即使 分子顺序 是错的也不影响计算。 |
|
以上问题已解决了，原因是修改力场文件的时候不仔细，导致有个原子的编号弄错了，但是目前有一个疑惑，不知道为什么用C-rescale压浴才可以，Parrinello-Rahman压浴就会报错，提示某些原子的约束警告导致报错，如下： Step 58225, time 116.45 (ps) LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: rms 0.000001, max 0.000005 (between atoms 3625 and 3626) bonds that rotated more than 30 degrees: atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length 5514 5513 30.5 0.0969 0.0969 0.0969 提示的原子主要是甲基碳原子和氢原子之间的约束有问题。 |
本帖最后由 chenmoya 于 2025-6-18 11:49 编辑 sobereva 发表于 2025-6-17 05:47 谢谢老师的答复，目前已解决了 |
|
没有任何理由把C-rescale切换成更落后的Parrinello-Rahman压浴 倘若用C-rescale压浴的过程中没问题，就一直用下去。 |
xzeli 发表于 2025-6-16 20:01 谢谢你的回复 |
| 我之前做的时候也出现过这个问题，可能是压浴的时间常数有问题，不敢误人子弟，还是等大佬们看看吧 |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2026-4-13 23:43 , Processed in 0.232059 second(s), 25 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites