sobereva 发表于 2025-6-19 05:51 谢谢老师答复 |
neocc 发表于 2025-6-18 16:16 好的，谢谢回复 |
chenmoya 发表于 2025-6-18 11:48 压浴原理不同，PR是强耦合压浴。而且对于>=2023版，PR这种二阶压浴和C-rescale这种一阶压浴默认的nstpcoupl也不同 |
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本帖最后由 neocc 于 2025-6-18 16:17 编辑 有没有可能是top文件和pbd文件的分子顺序不对应，在能量最小化的时候，即使 分子顺序 是错的也不影响计算。 |
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以上问题已解决了，原因是修改力场文件的时候不仔细，导致有个原子的编号弄错了，但是目前有一个疑惑，不知道为什么用C-rescale压浴才可以，Parrinello-Rahman压浴就会报错，提示某些原子的约束警告导致报错，如下： Step 58225, time 116.45 (ps) LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: rms 0.000001, max 0.000005 (between atoms 3625 and 3626) bonds that rotated more than 30 degrees: atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length 5514 5513 30.5 0.0969 0.0969 0.0969 提示的原子主要是甲基碳原子和氢原子之间的约束有问题。 |
本帖最后由 chenmoya 于 2025-6-18 11:49 编辑 sobereva 发表于 2025-6-17 05:47 谢谢老师的答复，目前已解决了 |
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没有任何理由把C-rescale切换成更落后的Parrinello-Rahman压浴 倘若用C-rescale压浴的过程中没问题，就一直用下去。 |
xzeli 发表于 2025-6-16 20:01 谢谢你的回复 |
| 我之前做的时候也出现过这个问题，可能是压浴的时间常数有问题，不敢误人子弟，还是等大佬们看看吧 |
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