may123456 发表于 2024-5-7 15:00
请问有解决吗？ txt的格式也是UTF-8，赋值代码也加了，但是一运行就发生闪退的现象

我也还是不行，请问有解决嘛

uenh1998 发表于 2022-8-29 20:11
十分感谢您的指点！我试下！

请问有解决吗？ txt的格式也是UTF-8，赋值代码也加了，但是一运行就发生闪退的现象

sobereva 发表于 2024-2-19 14:39
建议用http://bbs.keinsci.com/thread-37839-1-1.html提供的读取tpr的插件，更方便，直接载入tpr就有原子 ...

老师，在linux系统上除了您开发的这个gmxoutchg，还有别的方法吗？

mtlin 发表于 2024-2-19 14:14
Extract atomic charges from formatted .tpr file
Version 1.1, release date: 2020-Jan-3
Programme ...

建议用http://bbs.keinsci.com/thread-37839-1-1.html提供的读取tpr的插件，更方便，直接载入tpr就有原子电荷信息了

Extract atomic charges from formatted .tpr file
Version 1.1, release date: 2020-Jan-3
Programmed by Sobereva (sobereva@sina.com)

Number of molecules:         2
Maximum number of atoms in a molecule:        15
Number of molecular type:         2
Number of atoms in molecular type    0:   15
Number of atoms in molecular type    1:21960
free(): invalid pointer
已放弃 (核心已转储)
各位老师，使用gmxoutchg1.1版本出现了这个报错，请问是什么原因呢？我是GROMACS version:    2022.6
这个报错是意味着不适用吗？

lishine 发表于 2022-8-27 11:36
我下载了1.1版本，也出现了您这种情况，以下是我调试结果和解决方法：
1. Error finding molblock的根本 ...

十分感谢您的指点！我试下！

uenh1998 发表于 2022-1-5 09:35
早上测试了一下1.1版与gmx2020版的兼容情况，发现不兼容。

我下载了1.1版本，也出现了您这种情况，以下是我调试结果和解决方法：
1. Error finding molblock的根本原因在于：gmx dump出来的文件编码格式不对，使得sob老师的代码读出来的都是乱码。所以我另存为了一下，使他变成UTF-8的格式，成功读取。
2. 代码有点小问题（或许是我误删除），源代码中，第一次使用maxtype时没有给他赋值，导致初始值时负数，因此需要加上一句赋值代码

早上测试了一下1.1版与gmx2020版的兼容情况，发现不兼容。

mol 发表于 2020-6-11 17:04
sob老师您好，在默认色彩刻度(BWR)下越红代表原子电荷越负，越蓝代表原子电荷越正。这句感觉有误，因该是“ ...

笔误，已改

sob老师您好，在默认色彩刻度(BWR)下越红代表原子电荷越负，越蓝代表原子电荷越正。这句感觉有误，因该是“默认色彩刻度(RWB)下越红代表原子电荷越负，越蓝代表原子电荷越正吧”

由于发现文中的gmxoutchg与gromacs 2019不兼容，今日更新了gmxoutchg 1.1版，对gmx 2019也支持了

这个文件是不是能总IR振动分析？请问哪里有Gromacs做IR分析的案例？谢谢！

sobereva 发表于 2017-3-28 21:41
这样做的一个缺点是原子电荷保存精度太低，只有两位小数，整个分子所有原子电荷加和会往往能偏离整数不 ...

的确是这样。。
这种方法只能用来初步可视化电荷的分布了

diaok 发表于 2017-3-28 17:11
以前我也用的这种方法

不过前不久在别的群里有人提了个更方便的方法

这样做的一个缺点是原子电荷保存精度太低，只有两位小数，整个分子所有原子电荷加和会往往能偏离整数不少（特别是进一步通过脚本计算静电作用能的话误差会较大）