sobereva 发表于 2025-6-19 06:06
看那个教程完全是绕弯路。
直接用http://sobereva.com/soft/Sobtop产生GAFF力场结合RESP电荷的配体的拓扑 ...

谢谢老师！

Eianghuan 发表于 2025-6-18 17:08
有两个及以上的溶质分子，要把第二个溶质分子的itp文件进行修改，MOL.itp中的atomtype这一部分全部剪切走 ...

谢谢您的解答！

看那个教程完全是绕弯路。
直接用http://sobereva.com/soft/Sobtop产生GAFF力场结合RESP电荷的配体的拓扑文件，同时结合AMBER力场描述蛋白质，是算蛋白质-配体复合物最好的选择，也是极为主流的做法。

PS：有条件的话，十分推荐通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）系统性学习一遍，比网上搜罗乱七八糟还净是误人子弟的教程，在学习效果和学习效率上好至少100倍，完全避免类似当前情况这种无意义地踩坑白耽误工夫。

小老弟 发表于 2025-6-18 15:57
我刚刚尝试了删除添加了那两个语句但还是会报错，ERROR 1 [file topol.top, line 75829]:
  No such mol ...

有两个及以上的溶质分子，要把第二个溶质分子的itp文件进行修改，MOL.itp中的atomtype这一部分全部剪切走，粘贴到蛋白质itp文件的atomtype下面，把重复的原子定义删除，atomtype这个标题也只能留一个，应该能解决这个问题

Eianghuan 发表于 2025-6-18 15:52
上传一下你的topol.top文件，看看里面这一部分是怎么写的

我刚刚尝试了删除添加了那两个语句但还是会报错，ERROR 1 [file topol.top, line 75829]:
  No such moleculetype MOL


There was 1 NOTE

-------------------------------------------------------
Program:     gmx grompp, version 2025.2
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/toppush.cpp (line 2737)

Fatal error:
There was 1 error in input file(s)

上传一下你的topol.top文件，看看里面这一部分是怎么写的

小老弟 发表于 2025-6-18 15:16
十分感谢您的回答。我是刚刚接触这个方向，请问您所说的看topology写include什么时在哪里看呢？新的教程 ...

根据一楼的command，grompp读的是topol.top。这文件长怎样？

student0618 发表于 2025-6-18 14:28
看topology写include什么。

那教程很老了，作者自己也在gromacs论坛说过有些过时的。用的是他自己的脚本 ...

十分感谢您的回答。我是刚刚接触这个方向，请问您所说的看topology写include什么时在哪里看呢？新的教程该去哪里找呢？我找了好多教程或者视频，都是和那个教程差不多

看topology写include什么。

那教程很老了，作者自己也在gromacs论坛说过有些过时的。用的是他自己的脚本转换topology。