GROMACS分子动力学模拟中途断跑报错原因求解？

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发布时间: 2025-6-18 15:03

小白请教各位老师，分子动力学模拟过程中gmx mdrun -deffnm md_0_1 -nb gpu -v这一步动力学模拟中途出现以下报错，是什么原因？体系构建如下：定义模型盒子和加水 gmx editconf -f complex.gro -o complex_ne ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-6-19 06:31:56

老生常谈的问题
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

KazusaT 发表于 Post on 2025-6-19 00:48:13

ccccccc666 发表于 2025-6-18 17:01
能量最小化的可视图是这样的，是不是存在问题？

输出信息很明白的告诉你7444-7445原子有问题，先查看整体轨迹和输出信息提到的原子吧

student0618 发表于 Post on 2025-6-18 19:10:21

先用例如VMD看轨迹。

Eianghuan 发表于 Post on 2025-6-18 15:51:35

可能是结构不稳定了，可以试试延长能量最小化和nvt，npt平衡的时间，让体系能量充分降低

student0618 发表于 Post on 2025-6-18 15:24:17

查看轨迹是哪分子出问题。

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