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求助gaussian计算聚苯乙烯、聚己二酰己二胺与环丙沙星、砷酸之间的弱相互作用力

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1814

发布时间: 2025-6-18 16:53

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...

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1814 发表于 Post on 2025-6-26 20:16:25

sobereva 发表于 2025-6-25 19:53
对

好嘞好嘞，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2025-6-25 19:53:27

1814 发表于 2025-6-24 17:01
好的老师，“Translator”好像是我发帖以后，重新编辑的时候冒出来的。后面我注意一下哈:lov ...

对

1814 发表于 Post on 2025-6-24 17:01:55

sobereva 发表于 2025-6-24 05:28
你的帖子里有莫名其妙的Translator字样，意义不明。应当去掉。

你这种聚合物可以存在明显不同构象，以及 ...

好的老师，“Translator”好像是我发帖以后，重新编辑的时候冒出来的。后面我注意一下哈

另外，请问一下哈，关键词行这样编写正确吗？

几何优化：“#p opt b3lyp/6-311g(d,p) em=gd3bj ”
结合能计算：“#p b3lyp/6-311+g(2d,p) em=gd3bj counterpoise=2 ” 或者 “#p m062x/6-311+g(2d,p) counterpoise=2”

sobereva 发表于 Post on 2025-6-24 05:28:15

你的帖子里有莫名其妙的Translator字样，意义不明。应当去掉。

你这种聚合物可以存在明显不同构象，以及与小分子明显不同的各种结合方式。最好是用GROMACS跑分子动力学，得到有代表性的结合构型，然后再截出一个簇，计算结合能和分析弱相互作用。光是像当前截图这样比较随意地摆一个结构，没什么实际意义，至少发像样的期刊很困难。

sobereva 发表于 Post on 2025-6-19 06:59:26

聚合物取的长度，比起小分子的最长轴长度两侧都多出8埃一般就行了

几何优化：B3LYP-D3(BJ)/6-311G**
相互作用能：B3LYP-D3(BJ)或M06-2X，结合6-311+G(2d,p)并考虑counterpoise

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