Danggui 发表于 2025-7-17 13:27
老师，按照论坛上面帖子的经验分享尝试了找了很多的TS，发现之前报错的原因应该是因为过渡态找的结构太离谱 ...

2. Cu-EDTA的这一段IRC曲线看起来还行，没跑到反应物对应的极小点附近是因为maxpoints参数不够大（或者根本就没设所以用了默认的10），在链接的400号博文中ctrl+f搜“获得高质量、完整的IRC曲线”有说明。
3. 我不知道CuOH-H是啥，还是那篇博文搜“怎么IRC走出来的两侧的曲线是相同的”有说明，如果没有把握找到的过渡态对不对的话可以传上来看看。

Danggui 发表于 2025-7-14 11:03
前面的建模我这几天学习是知道了自己犯错误的原因在于哪里，也在边学边算的
老师，简化过程中的体系需要 ...

只是在正式计算之前的探索的话倒说不上什么“错误”，但让简化模型与目标体系尽可能相符确实更合适，因为理论方法、基组、隐式溶剂模型等各种因素都可能影响找过渡态的结果（不只是定量层面键长键角之类的数值，更包括定性层面过渡态本身是否存在的问题）。明显带电荷的离子在气相和溶液相的计算结果有明显差别，这在http://sobereva.com/327的1.3节也有解释，所以隐式溶剂模型该用就用。

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-7-10 17:44
当前优化过渡态任务并未正常完成，输出文件靠近末尾的这些部分说明几何优化没收敛（和SCF迭代不收敛是两 ...

前面的建模我这几天学习是知道了自己犯错误的原因在于哪里，也在边学边算的
老师，简化过程中的体系需要跟原金属络合物所选用的方法基组一样吗，如果Cu-EDTA不放进水溶液或者EDAT不放进水溶液单独算的错误是什么啊

Danggui 发表于 2025-7-10 16:39
经过这几天的一些学习有以下的疑问：
1.下面是我根据您之前给我发的Cu-EDTA的结构按照前面的文献提到的过 ...

当前优化过渡态任务并未正常完成，输出文件靠近末尾的这些部分说明几何优化没收敛（和SCF迭代不收敛是两码事）；在按http://sobereva.com/164和http://sobereva.com/460解决、确认只有一个振动方向正确的虚频之前，根本没法让IRC跑起来。

1.          Item               Value     Threshold  Converged?
   
2. Maximum Force            0.043054     0.000450     NO
   
3. RMS     Force            0.007149     0.000300     NO
   
4. Maximum Displacement     0.422536     0.001800     NO
   
5. RMS     Displacement     0.084277     0.001200     NO
   
6. Predicted change in Energy=-1.787997D-02
   
7. Optimization stopped.
   
8.     -- Number of steps exceeded,  NStep= 219
   
9.     -- Flag reset to prevent archiving.
   
10. {omitted}
    
11. Error termination request processed by link 9999.
    
12. Error termination via Lnk1e in F:\gaussian\gaussian\G16W\l9999.exe at Thu Jul 10 12:17:07 2025.
    

复制代码

而且我仍然不知道输入文件的结构是怎么来的，Cu-EDTA的部分和我给的.fchk文件里优化后的结构明显不一样，C15和N2都断键了（不只是看GaussView根据键长判断的成键关系，还有C15本身变成了平面三角型这点），O9和Cu的距离太长也仿佛羧基解离配位了；而且另外加的碳酸根的O35和EDTA配体的H30距离太短，也不像过渡态的样子。

电荷-2和自旋多重度2的判断显然错误，应该这么考虑：体系有一个Cu2+离子、一个[EDTA](4-)配体、一个CO3·-负离子自由基，那么净电荷显然是+2-4-1=-3；Cu2+离子的3d9价层电子构型有一个单电子，[EDTA](4-)是闭壳层无单电子，CO3·-自由基有一个单电子，但两个单电子的自旋状态不确定，可能都是alpha也可能一个alpha一个beta，所以按N_alpha - N_beta + 1算的净自旋多重度可能是1或3。两种自旋多重度应该分别做同条件的计算（反应物、产物、过渡态的优化及跑IRC）并比较，检查自旋交叉/多态反应的可能。

GaussView的clean键不适合该络合物体系，clean完会让羧基氧和铜离子的距离变得过长。并且我12楼说到的网络数据库的问题对CSD也适用，因为晶体结构与溶液结构经常差别明显（http://sobereva.com/569），而且还要根据分数占据/晶体学无序修改原子、取出分子团簇、适当补氢，不算很方便。

如果实在没有摆合适初猜找过渡态的经验的话不妨在化简的体系上练习，比如先尝试找CO3·-夺取N,N-二甲基乙胺中间碳的氢的过渡态，再复制反应区域的原子到实际的Cu-EDTA配合物相应位置去作为初猜。

经过这几天的一些学习有以下的疑问：
1.下面是我根据您之前给我发的Cu-EDTA的结构按照前面的文献提到的过渡态结构进行跑TS，报错情况见附件2，我也询问了该论文的作者他给我发了他所构建的模型，跑TS是跑出来了，且只有一个虚频为-528.85（该老师的模型我就没有上传），但是在跑IRC时选用方法为“#p irc=(calcfc,recalc=5,lqa) scrf=(solvent=water) def2svp em=gd3bj pbe1pbe”，按照该篇http://sobereva.com/61博文的前六个方法试了目前显示都还不收敛，报错提示为Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in E:\software\gaussian\G16W\l502.exe at Thu Jul 10 15:40:07 2025.该从哪里开始下手改呢，
2.建模：
①构建简单的分子时，是否可以根据分子的结构式直接在view里面建模，再点击clean键，进行初步优化，猜测过渡态的时候断键成键改变键长超过原子间的CSD共价半径和的1.15使得该键断裂
②在高斯构建络合物的时候猜测过渡态结构的时候是否可以直接在CSD数据库里面下载出模型，如果某个基团从断键下来直接更改键长超过1.15CSD的共价半径和，点击clean键进行初步优化，将他作为过渡态初始结构然后跑TS

〇66 发表于 2025-7-5 20:01
算完的东西 多余的垃圾文件就删掉吧 没啥用，正在进行计算的东西就不要删了，可以根据日期排序，把陈年旧 ...

嗯嗯，谢谢老师！

Danggui 发表于 2025-6-23 14:08
1.没有粘贴错误，刚刚检查了一下，D盘确实有Scratch文件，并且清完我自己的部分之后也能运行一段时间，应 ...

算完的东西 多余的垃圾文件就删掉吧 没啥用，正在进行计算的东西就不要删了，可以根据日期排序，把陈年旧文件都删掉，肯定能腾出挺大的内存

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-7-3 14:31
同时上传多个文本文件的正确操作，是先按http://sobereva.com/672所说的打包压缩，再把单个压缩包上传为 ...

好滴，感谢老师指导，我会牢记如何上传多个文本的正确操作及您提及到的提问要点
1.关于这两结构其实是我自己构建的，构建方式就是按照他论文里面画出来的生成物及产物，第一步都是基于Cu-EDTA的结构，如何猜测-C-COOH,-Cu-O,-Cu-N容易断键，再根据文献中画出的产物猜测他哪跟键会断开，在高斯中键选择无键，之后点击clean键自动优化一个结构，然后进行TS过渡态优化
2.这篇论文中有提及到CO3•-和•OH作为亲电自由基倾向于攻击高亲电性的位点（f-),Cu(II)−EDTA的N3、N4和C−C键是亲电自由基攻击最活跃的位点,感觉上是通过计算能垒进行推断反应的过程，通过LC-MS/MS 实验验证，文中基本上都是进行实验进行验证的，很少提及量化计算
后续我会补习无机、有机教材补一下结构优化、配位化学的基础知识的，谢谢老师！

Danggui 发表于 2025-7-3 12:52
老师，您好您上面推荐的我这几天有认真的学习，真的非常非常感谢您的帮助，目前是看了不知道如何将他们系 ...

同时上传多个文本文件的正确操作，是先按http://sobereva.com/672所说的打包压缩，再把单个压缩包上传为帖子附件（如果比较小）或者用网盘分享（如果比较大）并在帖子正文说明每个文件都是什么用途；现在这样直接把内容复制粘贴到帖子正文并不合适，一是太冗长了不便浏览阅读，二是不方便下载检查，三是可能破坏原始排版格式（特别是Gaussian输入文件这种对正确空行有严格要求的）。至于图片，如果是来自外文期刊文献的那么提供引用格式与doi号并指明第几页第几个figure就行，不是的话再插入帖子。

我不知道这俩结构都是从哪下载/如何构建的，不管是极小点还是过渡态，碳的键角和氢的位置等等都离谱得不符合化学常识，显然算不出来。建议先停下任何尝试，赶紧去找无机、有机教材补一下结构化学、配位化学的基础知识再说，后面直接从我10楼优化好的结构出发来搭其他结构。我14楼最后一行字也讲了从什么途径获取信息，包括但不限于过渡态初猜绘制以及电荷和自旋多重度判断等的方法。

说实话我觉得这文献的计算有点存疑，首先过渡态的英文是transition state不是transient state，其次自由基参与反应的机理未必是如此简单粗暴的取代和成断键，不知道文献有没有论证如自由基攫取氢或者氧化还原转移电子之类的其他途径。

Danggui 发表于 2025-6-24 19:38
老师，最近看了一篇文献《Targeted Decomplexation of Metal Complexes for Efficient Metal
Recovery b ...

我在12楼最后一句已经说了，多齿配体的金属螯合物结构不宜随便找网络数据库做参考，因为此类数据库生成图示或者坐标的经验算法未必适合复杂空间结构。我给的输入文件里结构来自一个专业做计算的文献的数据集（稍有一点点修改），确信没有问题。
输入文件里只指定了电荷-2、自旋多重度2和原子坐标，根本没有任何体现单键双键之类的信息；在GaussView之类可视化软件里看到的形式键级只有装饰作用，基本上是按原子间距之类的简单几何关系自动产生的，并不能说明实际的成键情况；具体如何得看计算之后做的波函数分析，参考http://sobereva.com/414。

这段文字无非就是把计算的过程用套话表达出来而已，掌握计算常识之后不难发现几个关键点：软件是Gaussian 09 E.01，DFT方法选的是PBE0杂化泛函（注意这是正式名称，末尾那是数字0不是字母O，而在Gaussian里关键词写作PBE1PBE，见https://gaussian.com/dft），带了DFT-D3(BJ)色散校正（在Gaussian里关键词写作em=gd3bj，链接同前），基组选的是def2-SVP（在Gaussian里关键词写作def2SVP，没有-，见https://gaussian.com/basissets/），几何优化和振动分析在相同级别下做（在Gaussian里关键词写作opt freq）。后面用multiwfn做概念密度泛函理论（http://sobereva.com/484）与静电势（http://sobereva.com/443）等波函数分析。当然这段话的描述仍有遗漏，鉴于Cu-EDTA络合物带-2电荷且在水溶液里，必须使用隐式溶剂模型，所以我又在Gaussian里加了关键词scrf(solvent=water)来用默认的IEFPCM表现水环境。
理解这些的基础是通过我14楼提到的链接入门学习。

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-6-19 20:31
楼主给我私信了输入输出文件，从输出文件第一行Entering Link 1 = E:\software\gaussian\G16W\l1.exe PID=  ...

老师，最近看了一篇文献《Targeted Decomplexation of Metal Complexes for Efficient Metal
Recovery by Ozone/Percarbonate》在里面的S8附件中也提到了Cu-EDTA的理论计算方法，想咨询一下您发给我的Cu-EDTA中原本在CAS中查到的碳氧键原本是单键但是在您的文件里面是双键，这个是有什么依据吗
包括您选用的基组是怎么一写就选用了这个基组，在这篇文献中我没有分析出来他具体用的什么，只知道他选用的PBEO-(BJ)/def2-SVP,其他设置是需要自己一个一个找吗：
All calculations in this work are performed using Gaussian 09 program package.11 The geometries of the Cu-EDTA and active species (CO3 •− and •OH) are optimized via Gaussian 09 E01 with Perdew-Burke-Ernzerhof hybrid functional (PBE0) method including Grimme’s DFT-D3(BJ) empirical dispersion correction and the def2-SVP the basis set level of theory, and harmonic frequencies are performed at the same level to verify that these structures correspond to the minima on the potential energy surfaces.12-15 The conceptual density functional theory (CDFT) and electrostatic potential (ESP) analysis are obtained from Multiwfn 3.8, whose input files are extracted by Gaussian checkpoint files, and plotted by VMD 1.9.3. The Fukui function of Cu-EDTA is calculated at nuclei of the molecule. CO3 •− and •OH are classified as electrophilic radicals, which are likely to attack the sites with high electrophilic values (ƒ-). Therefore, the Fukui function (ƒ-) of Cu-EDTA is calculated to observe which sites are active to be electrophilic attacked, and it is defined as follows in the finite difference approximation: ƒ-(r) = ρN(r) - ρN-1(r) (S5) where ρN(r) and ρN-1(r) are the electron densities of the N and N-1 electron system, respectively.