sobereva 发表于 2025-6-24 05:32
ice XI的密度是0.92 g/cm^3，倘若你用实验晶体结构作为初始结构，优化完了变成0.631g/cm^3，优化过程中盒 ...

非常感谢老师的回复，您说的矛盾点确实很有道理，应该是我某个地方搞错了，关于您给我的帮助与回复，对我非常有用，我会自己再继续思考研究，再次感谢老师！！！

wiwiwi7 发表于 2025-6-23 21:12
好的老师！我已经重新编辑了，非常谢谢老师的回复！我优化的初始结构就是ice XI，但我仍有点疑问是：所以 ...

ice XI的密度是0.92 g/cm^3，倘若你用实验晶体结构作为初始结构，优化完了变成0.631g/cm^3，优化过程中盒子尺寸应当显著膨胀才对。但gromacs并不支持变胞优化，所以盒子尺寸不会在优化过程中改变。所以你的描述前后矛盾。倘若你初始结构用对了，不可能优化完了是0.631g/cm^3。

单纯说获得零温零压的结构，可以对盒子尺寸进行缩放成不同大小（gmx editconf结合-scale）并进行优化，可以拟合得到压力随晶胞尺寸变化曲线。取压力为0的晶胞尺寸，并把盒子尺寸缩放成这个值，然后做优化即可。

sobereva 发表于 2025-6-22 07:29
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注意优化的初始的结 ...

好的老师！我已经重新编辑了，非常谢谢老师的回复！我优化的初始结构就是ice XI，但我仍有点疑问是：所以我想要在零温零压下通过gromacs计算冰型的密度，是只需要对其结构的超晶胞进行最陡下降法优化，然后通过计算优化后的结构来得到吗？期待老师的回复！

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注意优化的初始的结构就应当用相应晶型的冰