计算乙烯在ZIF-8的无限稀释时检查无报错，但平衡和产品为什么不能完整跑完呢

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发布时间: 2025-6-20 11:23

用gromacs515跑乙烯在ZIF-8的无限稀时平衡打算跑10ns，产品跑60ns，仅在top文件中修改了乙烯间的epsilon为0，平衡时有eql.xtc、eql.tpr、eql.edr文件生成，但只跑了几百皮秒就终止了，没有.gro和.cpt生成。用gmx mdr ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-6-23 05:47:39

笨笨鸟发表于 2025-6-22 09:17
社长，我把top文件中的非键参数一行注释即不改epsilon，是可以正常运行的。但无限稀需要消除分子间作用力 ...

无限稀不是靠改这个来体现的，而是模型上体现的。可以不同浓度下计算，做外推得到无限稀的结果

笨笨鸟 发表于 Post on 2025-6-22 09:17:56

sobereva 发表于 2025-6-22 07:18
这种事99.9%的概率是动力学模拟崩溃，其中又有99.9%的概率是拓扑文件不当所致。跟内存不够没关系，本来grom ...

社长，我把top文件中的非键参数一行注释即不改epsilon，是可以正常运行的。但无限稀需要消除分子间作用力，epsilon必须为0，而改了之后模拟又会崩溃，请问跑无限稀有没有其他推荐的方法呢？

sobereva 发表于 Post on 2025-6-22 07:18:01

这种事99.9%的概率是动力学模拟崩溃，其中又有99.9%的概率是拓扑文件不当所致。跟内存不够没关系，本来gromacs就不怎么耗内存
参考http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8仔细检查拓扑文件

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