GMX模拟混合溶剂时发现溶剂分层而非混溶的问题求助

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发布时间: 2025-6-23 11:39

本帖最后由闻言见状于 2025-6-23 11:44 编辑动力学低手，在模拟THF-H2O的混合体系时，发现溶剂一直分层。从物质的量1:9-9:1都进行了模拟，但一直没有拿到混溶的结果。请高手指点一下迷津。 THF的拓扑文件是用 ...

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闻言见状 发表于 Post on 2025-6-23 20:55:29

sobereva 发表于 2025-6-23 20:01
先确保原子顺序对应完全正确。如果能确保，对THF可以尝试用RESP2(0.5)代替RESP，原子类型可以尝试用GAFF2代 ...

谢谢，原子顺序应当没有问题（packmol建模的过程中我有刻意关注），我尝试修改一下拓扑文件再试试。

闻言见状 发表于 Post on 2025-6-23 20:53:45

student0618 发表于 2025-6-23 18:16
non-matching atom name不可忽略吧，先检查gro跟top的顺序。

谢谢，我在使用packmol建模的时候是有注意原子的顺序的，应该是可以对应上的

sobereva 发表于 Post on 2025-6-23 20:01:35

先确保原子顺序对应完全正确。如果能确保，对THF可以尝试用RESP2(0.5)代替RESP，原子类型可以尝试用GAFF2代替默认的GAFF

student0618 发表于 Post on 2025-6-23 18:16:58

non-matching atom name不可忽略吧，先检查gro跟top的顺序。

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