用MS的图形界面操作MOPAC计算的懒人包

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发布时间: 2014-12-31 03:56

本帖最后由 Shannon 于 2014-12-31 03:56 编辑如题，利用material studio强大的建模能力快速输入几何结构到mopac中， mopac计算完得到的几何结构重新输入到material studio里面。结果立等可取，找一个过渡态只 ...

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一声叹息010 发表于 Post on 2016-12-3 12:08:42

这好多个代码怎么互相调用的，能举个例子吗

sobereva 发表于 Post on 2015-2-7 08:13:58

北纬18° 发表于 2015-2-6 21:52
ubuntu 12.04.5, mopac2xyz　用不了　！

压缩包里有源代码，自行编译即可

北纬18° 发表于 Post on 2015-2-6 21:52:10

sobereva 发表于 2015-1-1 06:54
pdbout只能用于蛋白质（或者自己添上必要的信息），否则没法输出，不方便。
而且mopac2xyz转出来的xyz ...

ubuntu 12.04.5, mopac2xyz　用不了　！

北纬18° 发表于 Post on 2015-2-6 21:51:02

fhh2626 发表于 2014-12-31 20:54
直接用PDBOUT关键词不就行了么。。。

还有这个关键，太好了！！！

sobereva 发表于 Post on 2015-1-1 06:54:22

fhh2626 发表于 2014-12-31 20:54
直接用PDBOUT关键词不就行了么。。。

pdbout只能用于蛋白质（或者自己添上必要的信息），否则没法输出，不方便。
而且mopac2xyz转出来的xyz能便利地看优化轨迹，大体系的优化是mopac时下真正的用处，这需要关注优化过程。

fhh2626 发表于 Post on 2014-12-31 20:54:11

sobereva 发表于 2014-12-31 05:28
我一般用gview建模，保存成gjf文件后把坐标部分拷到.mop里，算完了之后用mopac2xyz转换成xyz文件再用VMD观 ...

直接用PDBOUT关键词不就行了么。。。

sobereva 发表于 Post on 2014-12-31 05:28:56

我一般用gview建模，保存成gjf文件后把坐标部分拷到.mop里，算完了之后用mopac2xyz转换成xyz文件再用VMD观看。

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