gmx如何在拉伸模拟中增加约束，防止在水盒子里翻转跳出了水盒子

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发布时间: 2025-6-25 19:01

本帖最后由 konosuba 于 2025-6-25 19:03 编辑请教各位大佬，在用gmx做胶原肽的拉伸模拟，参考的论文用的是NAMD，原论文使用两个约束，一个是在长度方向上的拉伸约束，另一个是固定胶原肽整体不产生翻滚自由旋转 ...

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konosuba 发表于 Post on 2025-6-27 11:36:13

sobereva 发表于 2025-6-27 07:09
合不合理没有唯一判据
有的约束可能明显施加了人为虚假因素，因此得到了常规模拟无法直接得到的结果，但 ...

好的，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2025-6-27 07:09:41

konosuba 发表于 2025-6-26 09:58
好的老师，这两个方法我都试试。根据我目前的理解来看，针对第一个方法，整个胶原肽不太能形成直杆，约束 ...

合不合理没有唯一判据
有的约束可能明显施加了人为虚假因素，因此得到了常规模拟无法直接得到的结果，但如果目的就是为了获得特定条件下的结果、有明确的研究目的而施加约束，那也可以说是合理的。只要能给别人解释得通加约束的缘由就行。

sobereva 发表于 Post on 2025-6-26 02:42:45

[ angle_restraints_z ]可以用来限制一对原子与z轴的夹角，另外还有[ orientation_restraints ]，看看是否适合当前情况

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