那年冬天风在吹 发表于 2025-12-30 11:06
请问，pygamd能做蛋白的粗粒化模拟吗？

当然可以，本身的分子动力学模拟引擎没什么不能做的。

不知道答主还在做类似的体系没，我说一下我的理解：
1. 就像二楼的答主回复的那样，部分bond参数是肯定有问题的，根据Alessandri和Marrink 2019年发表在JCTC上的文章"Pitfalls of the Martini Model"里描述的，过低的K_bond是不利于模拟相分离过程的，会产生很大的偏差，至少得在500kJ/mol(也就是120kcal/mol左右)以上才能保证能有一个正确的结果。


2. 可以考虑使用bond/react功能来创建新的键，因为bond/react 有stability 功能，也就是会将设定好的反应中的原子使用nve/limit对其运动进行限制，其余未参加反应的bead会保持npt/nvt系综，能有效的避免创建的键过长导致的局部原子受力过大产生的错误。

yuzc 发表于 2025-10-28 17:35
1.感觉你的参数有问题，martini大概是几千的bond k，换算成kcal/mol也不应该这么小。
2. 如果 fix bond/c ...

请问，pygamd能做蛋白的粗粒化模拟吗？

1.感觉你的参数有问题，martini大概是几千的bond k，换算成kcal/mol也不应该这么小。
2. 如果 fix bond/create 让两个分子突然沾在一起，它们原来不共享 angle ， 现在共享 angle，结果这个 angle 的 eq θ0 和当前几何角度差了几十度，乘上几百的 kθ，系统同样会瞬间爆炸。这也是官方文档里提及的注意的。
3. 我建议你跑粗粒化使用专用的粗粒化软件，从构型生成到其他功能都要更专业一些。比如hoomd-blue以及我们课题组开发的pygamd。