pptly12 发表于 2025-11-24 11:35
谢谢您的回复，我也用了TraPPE-small模型+虚拟点位的方法，确实在预平衡后误差降低到5%以内。但是我发现 ...

您好，我后来又使用同一个模型模拟了二氧化碳冷凝过程，但是在进行团簇分析的时候没有选择输出团簇温度，不过我是纯组分体系，刚刚用gmx energy输出了一下温度是正常的

caligo 发表于 2025-11-23 08:59
您好，我最后用了论坛一位大佬整理的带虚拟位点的TraPPE-small模型做出来可以结晶了。

谢谢您的回复，我也用了TraPPE-small模型+虚拟点位的方法，确实在预平衡后误差降低到5%以内。但是我发现在NVT降温过程中，CO2分子凝结形成团簇，用gmx clustsize分析，团簇温度远低于设定的冷凝稳定，比如设定温降到323K，团簇温度为250K，感觉这样好像不太对。不知道您分析过结晶后的温度么，谢谢

pptly12 发表于 2025-11-12 11:30
您好，请问您这个问题解决了吗。我正在做超临界CO2相关模拟，但是在预平衡后，密度误差都非常大。论坛里有 ...

您好，我最后用了论坛一位大佬整理的带虚拟位点的TraPPE-small模型做出来可以结晶了。

您好，请问您这个问题解决了吗。我正在做超临界CO2相关模拟，但是在预平衡后，密度误差都非常大。论坛里有老师提出，采用了虚拟点位的问题能减小误差，但是在降温的过程中，分子还是呈现气体分布，没有凝结的趋势。感觉也不太对。