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求助：蛋白-多肽体系100ns的动力学模拟后，生成的gro文件转化成pdb文件出现断链

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木月十七岁

发布时间: 2025-6-26 15:57

正文摘要:

各位老师好，有个问题想请教一下大家。我进行了蛋白-多肽体系的100ns的分子动力学模拟，导出了最后一帧的gro文件，想将其转化成pdb文件以进行后续的模拟。但是在转化成pdb文件后，发现pdb格式的蛋白链产生断裂。随即 ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-6-26 18:25:04

用VMD显示，比用Pymol舒服多了。并且用pbc box命令把盒子显示出来便于弄清楚情况

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