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在蛋白中分析aRDG出错

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kunkun

发布时间: 2017-3-29 13:14

正文摘要:

本帖最后由 kunkun 于 2017-3-29 13:24 编辑老师您好，我尝试使用aRDG分析蛋白中两段结构之间的弱相互作用力，在MD过程中，我将某一段结构xyz方向都freeze.顺利完成了生产相的MD。但是使用中发现了2个问题： ...

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kunkun 发表于 Post on 2017-3-29 15:19:22

更新方法：使用gmx rmsf命令可以输出pdb的构象，读入截取的蛋白轨迹，此时内部的元素名字是可以被multiwfn完美识别并计算aRDG！

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kunkun 发表于 Post on 2017-3-29 14:23:18

sobereva 发表于 2017-3-29 13:39
xyz就两帧？这样的话，直接用RDG就完了，用不着aRDG
而且你分析的是蛋白之间的作用，应当把水给去掉，否则 ...

老师，我把轨迹中的水分子都去掉了，但是还是提示segmentation fault( core dumped) 无论是在vmd中输出pdb还是xyz格式。都无法载入multifwn中，是否是由于原子名太乱了？（轨迹中amber力场的的原子类型），但是如果不把水去掉就可以载入。。真的好奇怪我是不是该安装个windows再试试？

sobereva 发表于 Post on 2017-3-29 13:39:01

xyz就两帧？这样的话，直接用RDG就完了，用不着aRDG
而且你分析的是蛋白之间的作用，应当把水给去掉，否则会严重碍事
另外，你的xyz文件中的原子名五花八门，有些原子名过于特殊，Multiwfn无法判断出对应的元素，所以有那个error，应当自行把相应的原子名改成元素名

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