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求助：plumed+gromacs做元动力学模拟报错segmentation fault

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17-li

发布时间: 2025-7-8 11:19

正文摘要:

本帖最后由 17-li 于 2025-7-8 11:19 编辑我的软件版本信息为:-) GROMACS - gmx, 2022.5-plumed_2.9.0 (-: 生成 tpr 文件的命令为： gmx grompp -f metad_plumed.mdp-c system.gro -p topol.top -n metad. ...

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Dempey 发表于 Post on 2025-7-9 11:45:44

17-li 发表于 2025-7-9 10:33
有一个metad.out文件，完整的内容我在求助的时候贴了，看起来里面没有给出具体的报错信息。现在我怀疑是m ...

尝试一下去掉dat文件里的MOLINFO，再试试呢

student0618 发表于 Post on 2025-7-8 21:49:16

17-li 发表于 2025-7-8 15:21
没有log文件

抱歉我问的是例如nohup.out
一般来说plumed的文件或跑的时候有问题的话会有具体报错的

17-li 发表于 Post on 2025-7-8 16:31:33

Dempey 发表于 2025-7-8 16:09
dat文件基本没问题，我也有点不太清楚：dat文件中的ndx文件是GROMACS的ndx文件吗，可以这样读取吗，还有 ...

好的，谢谢~我刚刚也注意到pair写重复了

Dempey 发表于 Post on 2025-7-8 16:09:33

17-li 发表于 2025-7-8 15:20
哇！不加-plumed metad.dat就正常在跑了。
我是第一次做元动力学模拟和使用plumed，大佬可以帮忙看看我 ...

dat文件基本没问题，我也有点不太清楚：dat文件中的ndx文件是GROMACS的ndx文件吗，可以这样读取吗，还有你的pair123的定义好像是一样的
可以尝试给CV加墙限制一下

17-li 发表于 Post on 2025-7-8 15:21:29

student0618 发表于 2025-7-8 12:05
有没有log文件？

没有log文件

Dempey 发表于 Post on 2025-7-8 14:22:41

先不-plumed metad.dat看看会不会停止，如果不会挺就是metad.dat设置不对，注意是不是采样的CV出界了

student0618 发表于 Post on 2025-7-8 12:05:45

有没有log文件？

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