求助：用gromacs模拟多层石墨烯和水的吸附过程，NVE能量不守恒

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发布时间: 2025-7-8 13:10

我的建模规程是用VMD的nanotube builder建的zigzag堆垛的4层石墨烯，以及packmol生成的液滴，然后先进行能量最小化再进行300K的100ps的NVT优化，最后用NVT的末态进行NVE模拟，最下层石墨烯坐标冻结用于模拟石墨烯附 ...

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Xi0rC 发表于 Post on 2025-7-9 11:13:13

谢谢sobereva老师

sobereva 发表于 Post on 2025-7-9 05:41:06

NVT是动力学过程，而不是“NVT优化”。“把TOP文件里的pairs信息全部删去”是完全多余的操作。

由于计算数值误差（受力计算、动力学积分），即便是NVE也不可能能量精确保持不变。用更小的步长、更精确的非键相互作用计算设置，可以让能量守恒性更好。

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