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求助用cp2k产生的xyz轨迹文件在gmx中做MSD分析的问题

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本主题由 sobereva 于 2025-7-9 20:56 审核通过

19821838673

发布时间: 2025-7-9 12:03

正文摘要:

各位老师们好，我是第15届GROMACS培训班的学员，因为刚接触分子模拟没多久，对于很多计算还处于一知半解的阶段。目前我在做一个AIMD计算，前期用CP2K生成结构的轨迹文件（7ps)，后在gmx中通过输入“gmx_mpi msd -s s ...

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19821838673 发表于 Post on 2025-7-14 16:50:14

19821838673 发表于 2025-7-11 22:56
好的老师！每天最开心的事情就是收到您的回复！我在windows版本中运行下！再次感谢卢老师[抱拳]

请卢老师抽空指点一下，因为确实有点着急，但是又没什么思路

19821838673 发表于 Post on 2025-7-11 22:56:52

sobereva 发表于 2025-7-11 22:44
用下文我提供的gromacs windows版。起码我这里没出现问题
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支 ...

好的老师！每天最开心的事情就是收到您的回复！我在windows版本中运行下！再次感谢卢老师[抱拳]

sobereva 发表于 Post on 2025-7-11 22:44:28

19821838673 发表于 2025-7-11 14:42
老师，我是在超算中心提交的任务，这是脚本文件，.gro和.trr文件都在前面上传过，最后的输出文件，频 ...

用下文我提供的gromacs windows版。起码我这里没出现问题
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支持GPU加速）
http://sobereva.com/458（http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html）

完全没必要在服务器上跑这些后处理分析，徒增麻烦

sobereva 发表于 Post on 2025-7-10 22:40:53

19821838673 发表于 2025-7-10 13:41
老师，按照您的提示，我试了一下，最后出现这样的报错，请问可以从哪方面调整呢？
Error in user input:
...

你得贴出来你在交互式界面里输入的所有内容，并且把窗口截图截完整，体现从最开始到最后的所有信息

19821838673 发表于 Post on 2025-7-10 13:41:01

本帖最后由 19821838673 于 2025-7-10 13:42 编辑

sobereva 发表于 2025-7-9 21:13
去掉 -endfit 7再试

老师，按照您的提示，我试了一下，最后出现这样的报错，请问可以从哪方面调整呢？
Error in user input:
Too few selections provided

19821838673 发表于 Post on 2025-7-10 09:08:36

sobereva 发表于 2025-7-9 21:13
去掉 -endfit 7再试

好的老师，我试一下。感谢您的回复！！

sobereva 发表于 Post on 2025-7-9 21:13:11

去掉 -endfit 7再试

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