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求助各位老师，油水二元体系带表面活性剂界面张力模拟体系背一直拉长怎么办

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syf666

发布时间: 2025-7-14 16:47

正文摘要:

我在测定一个表面活性剂对油水界面体系的表面张力降低程度，在做固定x,y轴，允许z轴变化的npt模拟时发现体系会一直被拉长，以下是我的体系和我用的mdp文件，请问各位老师这应该如何处理？ title ...

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syf666 发表于 Post on 2025-7-15 08:21:56

本帖最后由 syf666 于 2025-7-15 08:47 编辑

谢谢老师的指导
老师，我的输入力场文件是这样得到的：高斯计算后得到的fch文件用Multiwfn计算resp然后用sobtop整合mol2文件和chg文件得到，使用的是GAFF力场，体系主要是正辛烷，水和十二磺酸基硫酸钠，界面是平行于x,y平面

sobereva 发表于 Post on 2025-7-15 06:08:51

没事甭写fourierspacing = 0.16，完全多余

体系稳定之前不要用PR压浴，要用Berendsen或C-rescale压浴。力场或拓扑信息存在问题也可能导致此现象

另外，我不知道当前界面是平行于XY的还是平行于其它笛卡尔平面。结合semiisotropic控压时应当平行于XY平面

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