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一个大概240个原子二聚体分子的基态优化,出现了Bend failed for angle错误

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发布时间: 2025-7-15 11:11

正文摘要:

首先我使用b3lyp/6-311g(d)进行优化,出现了Bend failed for angle   180 -   194 -   193错误,也就是这几个原子成直线了。然后尝试用笛卡尔坐标(opt=cartesian)继续优化。然后还 ...

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qeheikj 发表于 Post on 2025-7-16 14:57:35
sobereva 发表于 2025-7-16 11:40
那叫ONIOM。当前没必要用
PM6D3做预优化,然后B3LYP-D3(BJ)/6-31G*进一步优化
几何优化不收敛问题老生 ...

好的,抱歉,下次描述精准。
sobereva 发表于 Post on 2025-7-16 11:40:40
qeheikj 发表于 2025-7-15 16:30
还有就是您提出来的第二种方法,是用onion模型吧?那确定π-π作用原子的话,用Mercury确定到具体原子吗 ...

那叫ONIOM。当前没必要用
PM6D3做预优化,然后B3LYP-D3(BJ)/6-31G*进一步优化
几何优化不收敛问题老生常谈,仔细看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

加了D3的时候提问的时候必须主动交代,下文明确说了
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

还老有人计算时明明带了DFT-D3校正,提问时居然不说,只说泛函原本名字,等我强调必须加DFT-D3时,对方才说已经加了DFT-D3,这极其令我愤怒!加不加色散校正根本就不是同样的理论方法,而且很多情况对结果影响巨大,这么重要的事怎么能不在提问时强调!?诸如你实际计算用了PBE结合DFT-D3(BJ),就必须在提问时说用的是PBE-D3(BJ)!


sobereva 发表于 Post on 2025-7-16 11:38:41
当前帖子和“量化理论”无直接联系,看清楚本版块版头的分类说明什么样的话题才适合选择“量化理论”,勿随便选择“量化理论”分类。这次给你改了,以后注意

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “一个二聚体分子的基态优化,大概240个原子” 改了,以后务必注意!
qeheikj 发表于 Post on 2025-7-15 16:14:17
我本是个娃娃 发表于 2025-7-15 15:42
这个二聚体系有很明显的Pi-Pi stocking,必须加D3 correction

是的,是加了色散矫正的
我本是个娃娃 发表于 Post on 2025-7-15 15:42:55
qeheikj 发表于 2025-7-15 15:26
好的,我尝试一下。这是结构

这个二聚体系有很明显的Pi-Pi stocking,必须加D3 correction
我本是个娃娃 发表于 Post on 2025-7-15 14:17:53
没有结构,很难给出具体建议。因此这里给出一些大体上的建议。
一,240个原子的体系有一点大,用DFT有些吃力,所以建议使用Semi-empirical的方法优化。比如XTB。
二。使用B3LYP-D3(BJ)方法,同时,有二聚作用的原子使用6-311G(d),其余原子用6-31(d)。

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