当前模型分子两侧还有明显的真空区，相应部分的分子也应该考虑。并且应注意这只是一帧的结构，模拟过程中每帧的色散作用都不同，只用一帧说事很可能得到错误结论。我更建议在gromacs里把磷光分子和周围分子各设一个能量组，获得动力学过程中色散作用的平均值，这样对比才有说服力。你当前的做法只适合考察特定结构下的色散作用，若当前结构没有什么特殊性，只是动力学过程随便选的一帧，这么做说明不了什么。