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发布时间: 2025-7-15 21:28
正文摘要:本帖最后由 Drucula 于 2025-7-16 08:44 编辑 各位老师，我在练习分子动力学与Gromacs培训讲义上丙基苯酚与溶解酶复合物模拟实例中，仿照卢天老师在补充视频里的第一个实例（胰蛋白酶-苄脒阳离子模拟）的操作步骤 ... |
Drucula 发表于 2025-7-16 08:45 我说的是用于实际复合物模拟的top，这只是配体的top并没有用处 |
sobereva 发表于 2025-7-16 05:13 感谢老师的解答，我再研究一下，另外已经在原帖上补上top文件了，烦请您看看有什么问题。 |
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先看轨迹，并且显示出盒子，弄清楚是跨盒子了，还是就是真的脱离了，以及如果是后者的情况，具体是怎么脱离的。做蛋白质相关的动力学一定要看轨迹 并且看此文 谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因 http://sobereva.com/632（http://bbs.keinsci.com/thread-27434-1-1.html） 并且输入文件要给完整，top文件都没给 此外，建议用矩形盒子，免得可视化的时候麻烦。 |
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