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gromacs求助:做限制性动力学分析,检查后发现蛋白质与配体有不正确结合,如何修改结构

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发布时间: 2025-7-16 19:06

正文摘要:

本帖最后由 zeus12138 于 2025-7-17 04:37 编辑        社长,各位老师,大家好,本人初次使用gromacs也初次学习计算化学方面的知识,可能有些术语表述有错误或歧义,在操作上也可能出现了错 ...

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student0618 发表于 Post on 2025-7-19 02:39:43
本帖最后由 student0618 于 2025-7-19 02:55 编辑

只是补Missing residues的话用e.g. pdbfixer/modeller更好吧,有晶体不用用AF3点奇怪。

看上去配体coordinate是直接合并导致的原子重叠?知道结合位点/口袋位置吗?先用docking放配体进去蛋白再跑MD较好哦。

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