求助：做Gromacs如何用程序自动生成正确的残基编号和OW、HW原子名的.gro文件？

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发布时间: 2025-7-17 17:27

我上了Sob老师的MD培训班，也参考了乙醇和水的例子非常有用。现在我想做11个Nafion分子和895个水分子混合的体系，先做一下能量极小化，但是.gro文件无论我是用Gromacs的gmx insert-molecules命令插入分子和editcon ...

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日月崇光 发表于 Post on 2025-7-18 10:17:13

这个无所谓，只要原子顺序对的上直接-maxwarn就行。
或者你在加水之前把水分子结构文件中原子名称提前改成OW和HW

sobereva 发表于 Post on 2025-7-18 07:11:47

注意复习北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页幻灯片：

202507180711371671..png (225.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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