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gromacs计算氢键的时候，显示小分子没有氢键供体受体，这是什么情况呢

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发布时间: 2025-7-18 01:50

正文摘要:

但是对接的时候明明是有氢键相互作用的，而且不可能没有氢键的，想问一下大家有没有遇到这种情况呢？

回复 Reply

数据挖掘 发表于 Post on 2026-2-4 17:36:55

用VMD进行氢键分析

xiaobai_ 发表于 Post on 2026-2-3 23:59:46

请问一下解决了吗

日月崇光 发表于 Post on 2025-7-18 14:50:05

gmx hbond偶尔会遇到这个问题，可以用gmx hbond-legacy

sobereva 发表于 Post on 2025-7-18 07:16:48

没输入文件没法判断情况
O/N-H默认作为氢键给体，N、O默认作为氢键受体。如果tpr文件里没能正确体现这点就没法判断出来

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