动力学计算是指基于分子力场的MD吧？如果这样的话，选取个体积合适的超胞，构建合适的周期性盒子，比截取片段模拟更合适吧？如果是AIMD的话，才需要做你说的截取考虑吧。
截取的话，都尽量从单键处截取比较合理，遇到双键的地方，就多取点原子往下顺延。