模拟水结冰怎么在固定液态水区域插入规定浓度的氯化钙分子

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发布时间: 2025-7-26 15:02

本帖最后由 sarphuart 于 2025-7-26 15:05 编辑各位老师好，最近在做水结冰的模拟，用的是sob老师培训班上的模板。建立浓度为 1 M CaCl2 氯化钙溶液，使用以下指令进行水替换成氯化钙 gmx grompp -f em.mdp -c ...

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sarphuart 发表于 Post on 2025-7-31 20:51:27

sobereva 发表于 2025-7-26 15:05
先构造盐水溶液，再把冰的部分加上去。或者在VMD里用选择语句结合笛卡尔坐标范围选择冰的部分，用VMD的命令 ...

学会了，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2025-7-26 15:05:39

先构造盐水溶液，再把冰的部分加上去。或者在VMD里用选择语句结合笛卡尔坐标范围选择冰的部分，用VMD的命令行对其修改残基名，然后保存成gro，再用gmx genion替换水的残基成为离子

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