以后提问时候必须把问题描述完整、充分。你的截图是Multiwfn载入orca_2mkl产生的molden文件提示的信息,却连Multiwfn的名字、载入的是molden文件都不提。认真把下文看了 在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整 http://sobereva.com/620(http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html) 认真看下文中的文字 详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换 http://sobereva.com/379(http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html) molden格式的定义也有个明显缺点,就是没有记录核电荷数的段落,而只记录了原子序数。对于全电子基组下的计算,原子序数和核电荷数是相同的。当原子用了赝势,它的实际核电荷数等于原子序数与赝势代替的内核电子数的差值。因此,如果molden文件是在赝势下计算产生的,那么Multiwfn载入后核电荷数会当成等同于原子序数,做一些涉及到核电荷的计算,比如计算分子静电势、原子电荷,结果就完全错了。为了解决这个问题,Multiwfn在读取Molden文件的时候,把[atoms]字段的第三列,也即原子序数那一类,当做实际核电荷数来读取。因此,在赝势下计算时,只要手动把原子序数那一列改成实际核电荷数,那么Multiwfn读取后就可以正常做涉及核电荷数的分析了(Multiwfn判断原子的元素是根据molden里的原子名判断的,因此原子序数改成核电荷数后,Multiwfn并不会判断错元素)。此外,ORCA程序从6.0版开始,它产生的molden文件里对用了赝势的原子在[Pseudo]字段里给出了实际核电荷数,从2024-Sep-10更新的Multiwfn开始会自动读取之,因此就不用手动做如上修改了。 |
zjxitcc 发表于 2025-7-26 17:43 谢谢老师解答,明白了 |
本帖最后由 zjxitcc 于 2025-7-26 17:47 编辑 (1)是gbw,不是bgw。 (2)你只上传了inp和gbw文件,没讲明ORCA版本,也没有输出文件(从输出文件里可以看出ORCA版本),而gbw文件与orca_2mkl小程序二者的版本必须对应,orca_2mkl才能将gbw转化为mkl/molden文件。在不知道版本的情况下几乎无法 测试/debug。好在你这个问题很简单,不需要测试/debug也知道原因(见下)。 (3)def2-TZVP对I原子有赝势,而.mkl文件和.molden文件都有一个缺点:不含赝势信息,因此通过任何工具进行这条路线的文件转化gbw -> mkl/molden -> inp/fch/... 都会丢失赝势信息,从而造成各种小问题,例如电荷不对、赝势信息丢失等等。 (4)为什么你没问到mkl/molden,而我却提到这两种文件格式?原因:不管你用Multiwfn还是MOKIT还是其他工具做波函数文件转换,第一步都是先调用ORCA自带的orca_2mkl小程序将gbw二进制文件转化为mkl/molden任一种文本文件,随后再进行其他文件转换。所以你没讲ORCA版本,大家自然就不知道orca_2mkl是属于哪个版本ORCA的。 解决方式:这是mkl/molden文件的內秉缺点,不是去解决它,而是尽量不要做这种转换。况且你只是提取优化好的几何结构,完全没有必要这么做,ORCA本来就有输出优化过程和优化结果(均以.xyz文件形式),自己复制坐标,粘贴进原来的inp文件,几十秒的事,不要走更复杂的路线。 |
参与人数Participants 1 | eV +1 | 收起 理由Reason |
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| + 1 |
wal 发表于 2025-7-26 17:32 net charge这个是吗 |
本帖最后由 wal 于 2025-7-26 17:34 编辑 1 是gbw 2 gbw是二进制的,要么你转molden上传要么报orca版本号否则别人看不到里面的信息 3 是从哪里看到电荷28的 |
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