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应如何提速对173个原子约束优化？

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Jiang127127

发布时间: 2025-7-29 18:07

正文摘要:

在拜读卢老师关于构想搜索和Xtb的帖子后（使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社：将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IR ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-7-31 12:41:09

Jiang127127 发表于 2025-7-31 11:22
感谢sob老师！我再次学习帖子，还是有些困惑，想向您请教173个原子这样的大体系过渡态构象搜索问题，在阅 ...

你这个体系可旋转的键没那么多，很多键没必要考虑旋转
下文就是明确的例子，跑分子动力学得到traj.xyz就完了。跑普通的分子动力学和跑MTD完全是两码事。切勿把跑普通的分子动力学默认为跑很小众向的MTD
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532）

sobereva 发表于 Post on 2025-7-29 20:51:25

帖子里的做法仅仅用了crest批量调用xtb做优化任务，根本不牵扯跑MTD。再仔细看帖子。跑MTD完全是绕弯路

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