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发布时间: 2025-7-30 13:48
正文摘要:本人使用MCPB构建金属离子蛋白拓扑立场，之后使用GROMACS进行动力学模拟，最后用gmx_MMPBSA计算结合能，发现： 因为使用MCPB构建，和金属离子配位的三个残基是独立于protein的。在计算结合能时，只将protein+金属离 ... |
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小分子也有配位的话不适合MCPB配合MMPBSA吧，用nonbonded model较好。 一些相关讨论见 http://archive.ambermd.org/202011/0189.html |
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